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第27卷 计算机应用 V01．27 2007年12月 ComputerApplications Dec．2007 文章编号：1001—9081(2007)s2—0208一03 志愿者计算环境下的应用 徐胜超1，方华亮2，朱斌1 (isdooropen@126．com) 摘要：介绍志愿者计算环境下应用的研究现状，根据该环境下科学计算应用的类型，分析应用 的任务关系图，包括静态任务关系图和动态任务关系图。描述了电力系统潮流计算和生物信息学的 序列比对。提出这两个应用在志愿者计算环境下的任务划分方式、分析并行粒度和应用特点。通过 在计算平台P2HP上对两个应用进行实验和性能分析，总结了适合在志愿者计算平台上运行并取得 高性能的科学应用的特点及对平台的要求。 关键词：志愿者计算；并行处理；潮流计算；序列比对 中图分类号：嘞93 文献标志码：A 任务之间互相传输，也可以在子任务之间传输。志愿者计算 O 引言 平台主要支持的应用任务关系包括图1(a—c)。最早运行的 志愿者计算…又称为全球计算，这种计算模型把计算量 应用是密码破解类和矩阵的简单相乘，任务关系图可以分别 大的分布式应用分割成大量计算量较小的子任务，通过分派 认为是图1(a、b)。这种应用任务划分简单，是比较适合在志 愿者计算平台上运行的应用。 给Intemet上的众多志愿机分别计算，并由一个服务器搜集和 汇总子计算结果而完成整个问题的求解。该计算模型由于可 以高效地聚集和利用在Intemet上闲散的大规模计算资源，使 得人们对高性能计算的研究与实现比集群系统更加廉价和容 易，所以近年来志愿者计算模型在科学和工程计算中显示出 其越来越重要的作用。 对志愿者计算模型的研究往往包括平台和应用两个部 分，在平台的研究上，其研究技术点包括志愿者计算的网络拓 (b) 扑架构、任务的调度模型、应用的编程模型、应用的性能评测 模型等方面，包括sE7n@Homel“、BOINc¨1、xtremweb’4o等。 在应用的研究上，由于它采用主一从的模式对应用进行编程， 并不是所有的应用都适合在志愿者计算平台上运行，其应用 范围有一定的限制。真实世界的科学计算问题各种各样，对 于一些很难并行处理的应用，通过研究人员的努力分析和改 进问题本身的数学模型，忽略某些不必要过程和环节，使其适 合在志愿者计算平台上计算并取得高加速比和吞吐率也是一 个非常值得研究的方向，所以应用研究至关重要，本文就分析 志愿者计算环境下的应用。 (d) 1 研究现状 图1任务的关系 志愿者计算平台上运行的科学应用采用主一从模式，并 近年来一些新的应用也相继出现，包括基因序列比对、解 行的单元是子任务，另外还包括控制这些子任务的主任务，可 方程组的迭代类的应用等。它们的任务关系可以认为 以根据主任务和子任务之间的数据独立性和数据传输方向， 是图1(c)，该任务划分就相对复杂。如解方程组的迭代类的 把科学计算问题进行分类，每一类科学问题对应一种任务关 应用，数学模型是方程组的应用是很多的(结构静力分析计 系图，包括静态任务关系图和动态任务关系图。如图1所示， 算，电力系统潮流计算等)，要解这些方程组一般采用迭代 箭头表示数据的传输方向。 法，而迭代法中循环终止的条件是其中若干个物理量满足一