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支持向量数据描述的基因表达数据聚类方法.pdf
第4卷第6期 智能系统学报 V01．4№．6
2009年12月 CAAITransactionsonIntelligentSy$tems Dec．2009
doi：10．3969“．issn2009．06．013
支持向量数据描述的基因表达数据聚类方法
季瑞瑞，刘 丁
(西安理工大学信控中心，陕西西安710048)
摘要：为改善传统的基因表达数据聚类方法正确率偏低的问题，研究了支持向量数据描述(sVDD)算法在基因表
达数据聚类中的应用，该方法通过寻找最优分类超球实现对数据集的有效聚类．将类间信息融入聚类有效性评估准
则中，通过模拟退火优化算法寻找sVDD算法中的最优核函数参数和惩罚因子，在训练时引入非样本数据提高运算
效率．对酵母细胞生长周期的基因表达数据集的仿真实验结果表明，在新的聚类有效性评估准则下进行参数寻优，
能够更快更好地得到最佳参数，同时，算法具有聚类精度高和运算速度快的优点．
关键词：基因表达数据；支持向量数据描述；聚类；模拟退火
文献标识码：A
中图分类号：TPl8 文章编号：1673_4785(2009)06_0544_05
data
ImproVedgeneexpressionclusteringusing
a Vectordomain
support descriptionalgorithm
JIRui—rui，LIUDing
ofInfo珊ationandContml of
(Center Engineering，Xi’anUniversityTechnology，xi’an710048，China)
Abstract：Theofthe Vectordomain in dataclus-
applicationsupport description(SVDD)algorithmgeneexpression
was asameansto thelow ofcurrent methods．Thismethod
teringproposed improve accuracy clustering effectivly
clusteredthedataset the Inter-classinfb瑚ationwasintroducedintothe
byfindingoptimalseparatinghyper—sphere．
cunent assessmentcriterionintheformofaminimumwithin—classdistance．Thesimulated
cIustering annealing
wasusedtofindthe kernelfunction andthe factoroftheSVDD
(SA)algorithm optimal pammeterpunishment algo—
rithm． datawereaddedin toincrease simulationresults the
Non—sample training computati9nale{bciency． using
ceU datasets
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