什么是国际人类基因组单体型图计划？.docVIP

附件 2 什么是国际人类基因组单体型图计划国际人类基因组单体型图计划的目标是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式，即单体型图，简称HapMap。HapMap将成为研究人员确定对人类健康和疾病以及对药物和环境的反应有影响的相关基因的关键信息。这一项目所产生的一切数据将供免费使用。 HapMap计划正式开始于2002年10月27-29日的HapMap计划第一次会议，预计进行3年。由日本、英国、加拿大、中国、尼日利亚和美国的科学家们合作完成遗传多态性大多数常见的疾病，如糖尿病、癌症、中风、心脏病、抑郁症、哮喘等，受众多基因以及环境因子共同作用。尽管任意两个不相关的人的DNA序列有99.9%是一致的，剩下的那0.1%由于包含了遗传上的差异因素而非常重要。这些差异造成人们罹患疾病的不同风险和对药物的不同反应。发现这些与常见疾病相关的DNA序列上的多态位点，是了解引起人类疾病的复杂原因的最重要途径之一。 发现这些与常见疾病相关的DNA序列上的多态位点，是了解引起人类疾病的复杂原因的最重要途径之一。 在基因组中，不同个体的DNA序列上的单个碱基的差异被称作单核苷酸多态性（SNPs）。例如，某些人的染色体上某个位置的碱基是A，而另一些人的染色体的相同位置上的碱基则是G。同一位置上的每个碱基类型叫做一个等位位点。除性染色体外，每个人体内的染色体都有两份。一个人所拥有的一对等位位点的类型被称作基因型（genotype）。基因型这一名称即可以指个体的某个SNP的等位位点，也可以指基因组中很多SNPs的等位位点。检定一个人的基因型，被称作基因分型（genotyping）。 什么是单体型？ 人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点，其中稀有的SNP位点的频率至少有1%。相邻SNPs的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代。位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称作单体型（haplotype）。大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是只用少数几个标签SNPs，就能够提供该区域内大多数的遗传多态模式。单体型图将描述人类常见的遗传多态模式。它包括染色体上具有成组紧密关联SNPs的区域，这些区域中的单体型，以及这些单体型的标签SNPs。同时，单体型图还将标示出那些SNP位点关联不紧密的区域。 研究者一般通过比较患者和非患者来发现影响某种疾病例如糖尿病的基因。在两组单体型频率不同的染色体区域，就有可能包含疾病相关基因。理论上，研究者通过对全部一千万个SNP位点都进行基因分型，也能够寻找到这样的区域。但是，目前用这种方法进行检定的成本过于昂贵。通过单体型图计划将鉴定出250,000 500,000个标签SNP，从而提供与一千万个SNP位点信息大致相同的图谱。 人群样品大多数常见的单体型存在于所有的人类群体中，但它们在不同人群中频率不同。因此，为了选择标签SNPs，有必要获得几个人群的数据。期研究发现，单体型频率在尼日利亚（Yoruba）、日本、中国和美国（北欧和西欧后裔的样品）人群样本中有着显著的差异。这些差异性保证了通过对这些人群进行大规模的单体型分析的合理性。自上述人群的绘制的单体型图应对世界上所有的人群有益。然而，增加其他人群会获得多少更多信息将通过一项检查其他样品的若干染色体区域的单体型研究做出确切回答。 用于构建单体型图计划的DNA样品共有270份，分别来自90个尼日利亚Ibadan的Yoruba人（30个父母加一个后代组成的三体家系），45个东京的日本人（无关个体），45个北京的汉族（无关个体），和北欧和西欧后裔的样品（30个三体家系）。样品的数目能使通过单体型图计划发现几乎全部频率大于5%的单体型。在经过恰当的社群参与（community engagement）或公众咨询以及个人的知情同意后，本项目所有新样品的采集程序都获得了相应的伦理委员会的批准。设计社群参与的目的则是为了对具有不同文化背景的取样社群产生的对知情同意和样本采集程序的特殊疑问有所理解和反馈。 伦理学问题这一项目若干伦理学问题。所研究的样本并不包含捐献者的个人标识，泄漏个人信息的风险很小为了以后研究者能够针对所研究人群选择最佳的标签SNPs，每一个样本将按人群标记。标签SNPs的选择将以单体型频率为基础。如果基因组中某些特定区域的单体型在不同的人群中有显著不同的频率，那么这些区域的标签SNPs也可能因人群而异。所以，每个人群的SNP和单体型频率将被计算和用于比较研究。在这种情况下，如果在一个人群中发现了一个高频的疾病相关的变异位点，而且与此位点相关的疾病风险在该人群中高于所有或大多数其他人群，就有可能产生对这个群体的诬蔑和歧视。本研究另一个潜在的顾虑是人群的