第一性原理的dftb+计算.docVIP

The first calculation with DFTB+ 摘要： 本文件应作为一个教程引导您完成您的第一个计算与DFTB+。作为一个例子，一个水分子的平衡几何计算。请注意，本教程只涵盖DFTB+的能力的一小部分，甚至使用这些功能都没有任何详细的讨论。您应该咨询当前手册的所有DFTB+功能的完整与详细的描述。 1?Providing the input 首先，你必须创建输入的代码。 DFTB+接受任何人类可读的结构化数据（HSD）或可扩展标记语言（XML）的输入。在这个教程HSD将被使用，并且在这种情况下，输入文件必须被称为dftb_in.hsd。在这个文件里所用的输入文件如下所示：（您可以通过下载提供tar.gz压缩这个HOWTO从HOWTO概述页面获得此文件。 Geometry = GenFormat { 3 C O H 1 1 0.00000000000E+00 -0.10000000000E+01 0.00000000000E+00 2 2 0.00000000000E+00 0.00000000000E+00 0.78306400000E+00 3 2 0.00000000000E+00 0.00000000000E+00 -0.78306400000E+00 } Driver = ConjugateGradient { MovedAtoms = Range { 1 -1 } MaxForceComponent = 1.0e-4 MaxSteps = 100 OutputPrefix = geom.out } Hamiltonian = DFTB { SCC = Yes SCCTolerance = 1.0e-5 MaxSCCIterations = 1000 Mixer = Broyden { MixingParameter = 0.2 } SlaterKosterFiles = { O-O = O-O.skf O-H = O-H.skf H-O = O-H.skf H-H = H-H.skf } MaxAngularMomentum = { O = p H = s } Charge = 0.0 SpinPolarisation = {} Filling = Fermi { Temperature [Kelvin] = 0.0 } } Options = {} ParserOptions = { ParserVersion = 3 } 在HSD输入指定的属性的顺序是任意的。你可以自由地利用你喜欢的关键字和物理单位，因为它们是不区分大小写的。这是无效的，但是，对于字符串值，特别是如果他们指定的文件名。 1.1?Geometry(几何属性) 几何属性包含在您的系统中原子的种类和coordiantes。该系统中的示例输入文件的几何形状被在所谓的“根”的格式，这是DFTB方法的传统几何输入格式提供。这种格式的形式化描述可以在DFTB+手册中找到。当前的例子 Geometry = GenFormat { 3 C # Cluster with 3 atoms O H # Two elements, 1 - O, 2 - H # Index Type Coordinates 1 1 0.00000000000E+00 -0.10000000000E+01 0.00000000000E+00 2 2 0.00000000000E+00 0.00000000000E+00 0.78306400000E+00 3 2 0.00000000000E+00 0.00000000000E+00 -0.78306400000E+00 } 指定一个集群系统与O型和H中的“根”的格式中的原子的坐标以埃给出的3个原子。整数的第一列包含在系统正（由解析器忽略）的原子的连续的数字。第二列包含每个原子的类型，考虑如在第二行中的元素列表中的相应元件的位置。该GenFormat{}不是指定几何的唯一方法，您应检查手册等方法。 如上所示，它是一个可能散列符号（＃）字符后，把任意评论在HSD输入。散列和行末之间的一切都被解析器忽略。 很多时候，该几何形状被存储在外部文件从dftb_in.hsd不同。为了节省您的复制和粘贴从该文件在输入文件中，你可以使用HSD格式的文件包含的功能： Geometry = Gen