基因芯片技术，费用方法原理.docVIP

基因芯片技术是具有并行、高通量和快速的特点，但是它也有一定的缺点，因为灵敏度高可能就会导致准确度的下降。目前，只有芯片结果而无northern杂交和RT-PCR的佐证的文章很难在高质量的期刊发表。正确的做法是用芯片结果进行筛选，得出有意义的基因，再进行BLAST同源性比对，northern杂交和RT-PCR或SSH进行验证。只有这样的研究才具有比较严密的科学性。做药物处理后肿瘤基因表达分析，1.药物处理前后对照的芯片数据是必备的。2.最好选出几个感兴趣的基因进行分析，3.BLAST同源性比对，northern杂交和RT-PCR或SSH进行验证是必须的。 做一个基因芯片多少钱 如果公司代做实验的，国内的一张10,000点的大概是5000元，如果做的片子多可优惠，但国内芯片的一个问题是质量没有国外好。国外芯片根据片子上基因的多少价格不同，但都比相应的国内产品贵些。 想比较两个组织的基因表达的差异，用基因芯片可以吗？要多少钱？至少要做多少标本？ 康成老陈 发表于 2008-9-4 10:40:46 康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。主要实验流程如下：1、样品RNA 抽提a. 实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。b. 实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿Trizol使用量为1ml），裂解后抽提RNA。2. RNA 质量检测a． 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm 、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。b． 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA 纯度及完整性。c. 提供RNA QC报告。注意：用于芯片检测的RNA 样品，必须是高质量的，完整的，没有RNase污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。3. aRNA样品合成和标记a．样品RNA进行逆转录反应合成cDNA。b．cDNA第二链合成c. aRNA合成及纯化d. 荧光标记aRNA并纯化4. 标记效率质量检测使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。5. 片段化aRNA使用Ambion的RNA Fragmentation Reagents对标记好的aRNA进行片段化处理。6. 芯片杂交在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。7. 图像采集和数据分析使用GenePix 4000B 芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。8. 提供实验报告包括详细的实验方法以及芯片实验数据和图表。 ebio66发表于 2008-9-4 15:32:50 可以做基因芯片。最好重复3次，即3对样本。需要费用因选择不同的芯片有所不同。具体可以与我联系。xian729@ 一、差异基因筛选 首先对原始数据进行预处理和均一化处理。没有重复的数据采用倍数法和 Z 值法相结合的方法来进行差异基因的筛选，挑选出至少在一个样本里表达倍数大于 two fold及 Z 的绝对值大于 2（即 Z2 或 Z-2）的基因挑出。对于有重复实验的芯片数据则采用统计方法来进行差异基因的筛选。 二、 聚类分析 针对多芯片结果进行了芯片间及差异表达基因之间的双向聚类，同时对新基因的功能进行预测，目的是对不同的样本进行分类，并对差异基因进行相似性分析。聚类方法包括层次聚类，K-means聚类及SOM等。 三、GO功能分类 对差异基因进行相应的生物学功能分类，采用GO 数据库中的功能聚类注释结果，并根据统计检验方法(P-value)筛选显著显异的分类。最后针对客户的需求进行结果的输出。 四、pathway分析 建立信号通路和生物功能网络，将差异基因与相关的信号通路进行比较、整合，找出基因之间的相互关系，进行通路动态仿真。并根据统计检验方法(P-value)筛选显著显异的代谢通路，已期对致病基因构建模拟疾病状态的通路网络,对目的基因进行分析,以期发现目的基因与疾病之间在生物学通路或生化途径上的关联。 Pathway中差异基因的统计图 差异基因在代谢途径上的分析情况，红色标记上调基因，绿色标记下调基因 五、转录因子（TF）分析 利用相关的转录因子（TF）数据库，采用pwmatch