两种微孢子虫全基因组中密码子偏好性比较.pdfVIP

31 1 2011 3 Newsletter of Sericultural Science 1 * 1, 2 1,3 1 1 1* 张瑞芝 向 恒 潘国庆 李 田 周泽扬 ( 1.; 2. ; 3., 400715) 微孢子虫(Microsporidia) 是一类细胞内营专性寄生的单细胞真核生物基于其已测得 的两 个典型种的基 组数据, 比较了家蚕微孢子虫(Nosema bombycis ) 与兔脑炎微孢子虫(En- cep halitoz ooncuniculi) 之间全基 组的密码子偏好性异同结果表明两基 组的密码子偏好性都 较弱,基 表达程度都较低而且二者之间确实存在显著差异, 表现在兔脑炎微孢子虫的偏好性 比家蚕微孢子虫的更弱,其最优密码子的偏好性也更弱, 完全不同于家蚕微孢子虫偏向于使用第 三位是A/ U 的最优密码子这些差异与它们在核苷酸组成上的不同是一致的,有可能是两微孢 子虫寄生于不同环境中导致了它们在密码子偏好性上的差异 ( Microsporidia) [ 1] , , , [2] , , ,, ,(Encep halitozoon cuniculi) (N osema bombycis) 2. 9Mb, , , [3] ;15.7 Mb, ,, ) (codon bias) , , ( opti al codon) , , , [4- 5] GC , GC3s ; [6- 7] , ;,tRNA , ,, , * :( No. XDJK2009C149) ,( No. SWU110047) :( 1982- ), ,Tel:023- E- ail: zhangruizhibb@ 126. co :, ,T el: 023-E- ail: zyzhou@ . cn 2 31 1 1.1 , 1. 5~ 2Kb WGS reads (7.8 )30Kb iniBAC ( 0. 3 , 10 )25 Solexa ,15.7Mb, 4 305 1 997 GenBank (ht- tp://www.ncbi.nl ./) 1.2 CodonW (John Peden,http://www. olbiol.ox.ac. uk/ cu) , (Codon Adaptation Index, CAI)(Codon Bias Index, CBI)(Effective Nu ber of Co- don,ENc) ( Frequency of Opti al Codons, Fop) GC3s SPSS 17 2 2.1 4 305 1 997