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人小肠三叶因子 ITF 生物信息学分析 王海波 人小肠三叶因子 ITF(Intestinal Trefoil Factor)能促进小肠粘膜细胞的迁移，因 而对胃溃疡有很好的治疗作用。现要研究 ITF 的结构与功能，运用生物信息学的 方法对其进行考察。 ITF 的氨基酸序列如下： EEYVGLSANQCAVPAKDRVDCGYPHVTPKECNNRGCCFDSRIPGVPWCF KPLQEAECTF 现得到的基因序列如下（来自本实验室构建的的质粒）： Gaggagtacgtgggcctgtctgcaaaccagtgtgccgtgccggccaaggacagggtggactgcggctaccccc atgtcacccccaaggagtgcaacaaccggggctgctgctttgactccaggatccctggagtgccttggtgtttcaagcccct gcaggaagcagaatgcaccttc 用 CBI 主页上的 Blast 搜索基因数据库考察所得的 ITF 基因序列。 程序采用 Blastn ，数据库用HUM 。结果的数据很多，略（以下同）。 HSP1BX L15203 Human secretory protein (P1.B) mRNA, complete cds. Length = 480 Score = 343 bits (173), Expect = 1e-92 Identities = 176/177 (99%) Strand = Plus / Plus Query: 1 gaggagtacgtgggcctgtctgcaaaccagtgtgccgtgccggccaaggacagggtggac 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct: 99 gaggagtacgtgggcctgtctgcaaaccagtgtgccgtgccagccaaggacagggtggac 158 Query: 61 tgcggctacccccatgtcacccccaaggagtgcaacaaccggggctgctgctttgactcc 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct: 159 tgcggctacccccatgtcacccccaaggagtgcaacaaccggggctgctgctttgactcc 218 Query: 121 aggatccctggagtgccttggtgtttcaagcccctgcaggaagcagaatgcaccttc 177 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct: 219 aggatccctggagtgccttggtgtttcaagcccctgcaggaagcagaatgcaccttc 275 实验室的 ITF 基因与数据库重的基因序列非常吻合，只有第 42 位的 g 与数据库 提供的 a 不同，但处于三联体密码的第三位，ccg 与 cca 对应的都是脯氨酸。所 以利用实验室现有的基因序列在大肠杆菌表达天然ITF 是可行的。 AP001746 AP001746 Homo sapiens genomic DNA, chromosome 21q, section 90/105. Length = 340000 Score = 283 bits (143), Expect = 9e-75 Identities = 146/147 (