乌龟和金头闭壳龟线粒体基因组全序列分析及研究.pdf

乌龟和金头闭壳龟线粒体基因组全序列分析研究 摘 要 动物线粒体基因组是共价闭合的双链 DNA ，长度在 16.5 kb 左右，在新 陈代谢、细胞程序性死亡、疾病、衰老等过程中具有重要作用。线粒体基 因组结构简单，呈母系遗传，广泛用于分析动物和动物类群间的系统关系。 龟鳖类是形态学上最特化的一支爬行动物，目前，已测定的龟鳖类动物 线粒体基因组全序列有 16 种，其中，侧颈龟亚目仅 1 种，曲颈龟亚目 15 种。龟鳖类同其它类群脊椎动物的系统进化关系一直存在争论。为进一步 从分子水平上探讨这一问题，本文参照近源物种的线粒体基因组，设计了 16 对特异引物，采用 PCR 产物直接测序法测得了乌龟（Chinemys reevesii） 和金头闭壳龟（Cuora aurocapitata）线粒体基因组全序列。结果表明： 乌龟线粒体基因组序列全长分别为 16, 576 bp，包括2 个 rRNA 基因、 22 个 tRNA 基因、13 个蛋白质编码基因和 1 个非编码控制区。其线粒体基 因组结构和基因排列顺序与其它多数龟鳖类相同，在“WANCY 区”包含 一个 “stem-loop ”结构， NADH dehydrogenase subunit 3 基因中的第 174 位点处存在一个额外插入的腺苷酸(A) 。 金头闭壳龟线粒体基因组序列全长分别为 16, 890 bp，包括2 个 rRNA 基因、22 个 tRNA 基因、13 个蛋白质编码基因和 1 个非编码控制区。线粒 体基因组全序列中，除了在非编码控制区的 3’端富含 TA 重复序列外，与其 它已报道的脊椎动物线粒体基因组结构相似。这些可能为金头闭壳龟的保 护提供分子方面的信息。 应用重链上 12 个编码蛋白质基因的核苷酸序列，对 25 个物种进行系统 分析，结果表明龟鳖类和古龙类(包括鸟类和鳄类)构成较近的姐妹群关系。 关键词：乌龟；金头闭壳龟；线粒体基因组；基因定位；全序列分析； 系统分析 Complete mitochondrial genomes of Chinemys reevesii and Cuora aurocapitata Abstract In animals, mtDNA is generally a 15~20 kb circular genome containing 37 genes: 13 protein-coding genes, two rRNA genes, and 22 tRNA genes, as well as a control region. In recent years, mitochondrial DNA (mtDNA) has been widely used as a useful marker system in numerous phylogenetic analyses of vertebrate relationships because of its maternal mode of inheritance and relative lack of recombination. The phylogenetic relationship of turtles to other vertebrate groups remains to be open. To date, complete mt genomes have been determined for only 16 species, including 15 cryptodiran turtles and a side-necked turtle. In order to provide molecular evidence for this issue, we analyzed the complete mitochondrial (m