蛋白化学交联的分子模拟方法及其抗糖尿病靶标PPARγ新作用机制的综合的研究.pdf

北京协和医学院中国医学科学院 目录 摘要 ……………………………………………………………………………。3 Abstract ………………………………………………………………………………………………………．5 1 前言 分子模拟的理论基础……………………………………………………7 1．1分子力场的理论基础………………………………………………………．7 1．2分子动力学计算的基本原理和方法………………………………………lO 1．2．1模拟中的积分方法………………………………………………．10 1．2．2周期性和非周期性边界条件……………………………………．11 1．2．3系综条件…………………………………………………………。12 1．2．4模拟中体系温度和压力的耦合…………………………………．．12 1．2．5模拟中的水模型…………………………………………………．13 1．3蛋白．蛋白分子对接的基本原理和方法…………………………………．．14 1．4本论文研究内容……………………………………………………………16 2 分子动力学方法对于蛋白化学交联结果的预测和验证………………………17 7 2．1蛋白质的化学交联反应和计算预测方法概述……………………………1 2．1．1基于生物质谱的化学交联多肽鉴定技术的介绍………………．17 2．1．2蛋白中可交联残基对的预测方法研究现状……………………．22 2．2基于分子动力学计算蛋白交联残基对的方法建立………………………27 2．2．1研究方法和流程介绍……………………………………………．27 2．2．2用基准训练集对XLMD方法关键参数的优化…………………31 2．2．3基于分子动力学的XLMD预测方法与现有方法的比较………36 2．3基于分子动力学的XLMD预测方法在复杂蛋白中的应用……………．．39 2．3．1BSA和Aldolase蛋白质谱交联结果的分析……………………39 2．3．2 2．4小结…………………………………………………………………………………………………43 3 PPARl,配体抑制PPARl,磷酸化的作用机理研究……………………………．45 3．1PPARl,作为糖尿病药物靶标和其配体作用机理的简介…………………45 3．1．1转录因子PPAR丫的生物学功能和小分子药物…………………45 3．1．2PPAR一、／的激动剂用于治疗糖尿病的机制………………………．46 3．1．3 3．1．4抑制PPART磷酸化在糖尿病治疗中的意义……………………55 北京协和医学院中国医学科学院 3．2研究材料和方法……………………………………………………………57 3．2．1理论计算部分的方法……………………………………………．57 3．2．2实验部分的材料与方法…………………………………………．．60 3．3研究结果及讨论……………………………………………………………62 3．3．1PPAR，t结合配体前后结构和动力学特点的比较………………．62 3．3．2PPAR丫和CDK5／p25结合方式的计算筛选和分析验证………．65 3．3．4 3．3．5XLMD方法对于质谱交联结果的分析和结合模式的验证……75 3．4小结…………………………………………………………………………………………………77 4 结论……………………………………………………………………………………………………．．79 参考文献……………………………………………………………………………8l 附录一 ………………………………。…………………………………………．．89 附录二 ……………………………………………………………………………90 致谢