p53-金离子识别及环糊精自组装的理论研究.pdf

摘要 摘 要 分子间的相互作用广泛存在于自然界中，蛋白质与配体或金属离子的结合、 超分子体系中主客体间的分子识别、分子印迹技术中模板分子与功能单体的作 用都属于这一领域的研究范畴。虽然该领域受到越来越多的关注，但是许多分 子间的作用机理还不清楚。而分子模拟方法可以从微观状态阐释实验机理，提 出理论模型并加以预测，并最终指导实验。本论文使用分子模拟方法对p53．金 属离子识别、环糊精分子识别和组装、吡嘧磺隆分子印迹聚合物识别进行了研 究。主要内容包括以下四个方面： functional (1)使用密度泛函理论(densitytheory，DFT)计算和分子动力学 (molecular 氨酸j半胱氨酸和水分子的配位构型进行了研究，还考虑了半胱氨酸的质子化 状态和相环境以探索影响配位构型的因素。计算了形成M孑+复合物反应的自由 能，发现随着质子化半胱氨酸数目的增加，有利的结合模式从四配位构型向六 配位构型转变。使用MD模拟进一步探索了M92+在p53DBD活性位点的结合模 另外，这两种金属离子对保持Ar9248的有利取向以和DNA相互作用有重要贡 bond 弱。此外，使用自然键轨道(naturalorbital，NBO)分析了电荷转移，发现 M92+比zn2+有更高的净正电荷，导致M孑+与DNA之间的静电吸引更强。这部 分地解释了实验中观察到的M92+存在下p53DBD的非特异性DNA结合能力比 Zn2+存在下强的原因。本项研究为了解p53DBD的结构和性质提供了重要信息。 (2)使用分子动力学模拟在水溶液中对由3到24个两亲性胆固醇．2，6．二．O． 的组装成核．壳结构的趋势，胆固醇核之间的范德华相互作用是形成胶束的主要 驱动力。随着单体数目的增加，胶束尺寸及相互作用能分别呈现出上升和下降 趋势。而且，对于小尺寸的胶束(单体数量S8)，其总的半径、相互作用能和离心 率有振荡现象。计算的24个单体形成的胶束疏水核及亲水壳半径都与实验一致。 环糊精部分暴露在溶剂中，并且拥有恰当的柔性以有效地捕捉药物。通过对溶 摘要 剂可及表面和水化数的分析表明，这种胶束是高度水溶性的，因此可以很大地 提高亲脂性药物在水中的溶解度。另外，这种胶束还具有多重药物结合位点， 有望成为药物运输载体。本项研究在原子水平上探索了ch01．DIMEB胶束的结构 特性，为其作为药物载体的应用提供了有价值的信息。 (3)使用分子动力学模拟研究了水溶液中胆固醇修饰环糊精胶束与度硫平、 黄体酮和对叔丁基苯甲酸的相互作用，探索了这种胶束的药物运载机制。发现 药物分子对胶束的尺寸和形状没有影响，与实验结果二致。药物与胶束的结合 模式主要有腔内包结和内核吸附两种，范德华作用是二者结合的驱动力。骨架 结构和电荷上的差异决定了度硫平和对叔丁基苯甲酸倾向于腔内包结，而黄体 酮则更倾向于内核吸附。本项研究为设计基于环糊精胶束的药物载体提供了理 论基础。 (4)使用量子化学计算方法得到了模板分子吡嘧磺隆(PS)与功能单体2-( 胺(AA)以1：1结合的复合物结构，计算得到的单体与模板分子之间的结合能力与 实验结果基本一致。对于MAA还考虑了1：2、1：3和1：4结合的情况，并计算了 相应的结合能和自由能变。发现PS与MAA通过氢键很容易形成摩尔比为1：1 和1：2的复合物，而它们按1：3和1：4进行结合的可能性已经很小。本项研究提 出了吡嘧磺隆与功能单体的识别机理，为寻找新型功能单体指明了方向。 关键词：p53DNA结合结构域，环糊精，吡嘧磺隆，分子动力学，量子化学 II Abstract in or interactionis nature，includingprotein+ligand Them01ecular widespread in