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一
, 目 录
摘要…………………………………………………………….I
ABSTRACT..................................................................、f
第一章文献综述…………………………………………………..1 1.分子系统学及系统发育发展概况……………………………………..1 l-1系统发育……………………………………………………..1 1.2系统发育重建………………………………………………….1 1.2.1系统发育树的重建过程…………………………………………1 1.2.2系统发育树的重建方法…………………………………………2 1.3分子系统学研究进展…………………………………………….3 1.4分子钟理论及其常有的分析方法……………………………………3 1.5生物地理学及其发展概况…………………………………………4
2.青藏高原隆升的研究进展…………………………………………..6
3.鲇形目鱼类研究进展………………………………………………7
3.1鲇形目鱼类基本情况介绍………………………………………..7
3.2觥科鱼类研究情况介绍………………………………………….8
4.线粒体基因组研究情况概述…………………………………………9
4.1线粒体的发现、形态结构、分子结构………………………………..9
4.2动物线粒体的特点…………………………………………….10
4.3动物线粒体的基因进化………………………………………….11
5.分类学发展的新阶段—DNA条形码分类技术…………………………….1l
6.立题依据和研究意义……………………………………………..15
7.参考文献……………………………………………………..18
第二章南方鲇线粒体基因组结构及其系统发育应用……………………….26 1.引言………………………………………………………….26
2.材料和方法…………………………………………………….27
2.1材料来源…………………………………………………….27
2.2 PCR扩增、克隆和测序………………………………………..28
2.2.1基因组DNA的提取及检测………………………………………28
2.2.2 DNA纯化和回收……………………………………………..29
2.2.3目的DNA的克隆……………………………………………..29
2.2.4目的基因测序………………………………………………31
2.3数据分析……………………………………….:………….3l
2.3.1所获得序列的拼接和比对………………………………………31
2.3.2系统发育分析………………………………………………32
2.3.3分化时间估算………………………………………………32
3.结果和讨论…………………………………………………….33
3.1南方鲇线粒体基因组的特征………………………………………33
3.2系统发育分析和分化时间的估算…………………………………..35
4.参考文献………………………………………………………39
第三章中国觥科鱼类系统发育、分化时间估算和生物地理学研究…………….45
1.引言………………………………………………………….45
2.材料与方法…………………………………………………….48
2.1实验标本的采集、处理及外类群的选择…………………………….48
2.2实验仪器……………………………………………………49
2.3分子标记的选择、引物的设计及合成………………………………50
2.4实验步骤……………………………………………………52
2.4.1基因组DNA的提取及检测………………………………………52
2.4.2 PCR扩增…………………………………………………..53
2.4.3 DNA纯化和回收……………………………………………..55
2.4.4目的DNA的克隆……………………………………………..55
2.5数据分析……………………………………………………55
2.5.1序列的多重比对…………………………………………….55
2.5.2所得序列的分析…………………………………………….56
2.5.3系统发育分析………………………………………………56 DATING …………………………..57
2.5.4分化时间的估算 MOLECULAR STATE
2.5.5祖先状态重建 ANcESTRAL
3.结果………………………………………………………….59
3.1DNA序列特征……………………………………………
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