驯化和育种对大豆单核苷酸多样性影响.pdf

摘要 摘要 本课题选择有代表性的野生大豆、栽培大豆地方品种和育成品种共62份为 研究材料，以大豆140个功能基因片段为研究对象，旨在DNA序列水平上研 究野生大豆、栽培大地方品种和育成品种的群体遗传结构特点及其在驯化和育 种过程中的演变规律并且探究驯化和育种过程中受到人工选择的候选基因，为 进一步挖掘分离与大豆重要农艺性状和经济性状相关基因、揭示大豆起源与进 化的分子机理提供研究基础。获得的主要结果如下： 缺失。野生大豆遗传多样性相对于大豆地方品种降低了37％(0值)和24％(兀 值)，大豆地方品种遗传多样性相对于大豆育成品种降低了12％(0值)和 17％(7c值)，这种遗传多样性的差异在统计学上具有显著性。在大豆栽培驯化 过程中稀有SNP位点丢失严重，而在育种过程中SNP位点为随机的丢失，稀 有SNP在此过程中并未大量的丢失。对大豆基因组不同区域的核苷酸序列多样 性的研究表明在三个大豆群体中非编码区内的遗传多样性均要高于编码区。在 驯化和育种过程中编码区和非编码区的核苷酸序列多样性均降低。就非编码区 而言驯化和育种导致UTR和内含子区域内的遗传多样性降低。就编码区而言， 同义突变的频率要高于非同义突变的频率，并且在驯化和育种过程中非同义突 变降低的程度要略高于同义突变。 2、就单倍型平均多样性(H)而言，野生大豆、大豆地方品种和大豆育成 品种的单倍型平均多样性(H)为0．45、O．35和0．29。在驯化过程中野生大豆 约丢失了22％的单倍型多样性，在育种过程中大豆地方品种约丢失了17％的单 倍型多样性，这种大豆群体间单倍型多样的差异在统计上不具有显著性。同时 我们发现野生大豆中稀有单倍型要比大豆地方品种和育成品种都要丰富，并且 在驯化过程中稀有单倍型大量减少。 3、通过中性检验，发现在所研究的140个基因位点中有5个基因位点在驯 化和育种过程中可能受到了选择效应的影响。其中两个基因是一些特异性的转 录调控因子，可能参与调控控制野生大豆和栽培大豆性状差异的基因的过程 中。其他三个基因分别为编码天冬酰胺合成酶基因，编码糖苷水解酶第17家族 中的基因以及大豆内源性乙烯合成的限速酶基因。 摘要 4、基于SNP的变异组分分析发现在总的遗传变异中，20．12％的变异发生 在群体之间，79．88％的变异来自亚群体内部。两种遗传分化系数Fst和Gst均 表明野生大豆与大豆地方品种分化明显，大豆地方品种与大豆育成品种间分化 较小。对大豆群体间基因流的计算表明大豆群体间不存在生殖隔离，各个群体 间基因流传顺畅。 5、分别基于SNP数据和单倍型数据对62份大豆材料以邻结法构建系统发 生树，结果均表明野生大豆和栽培大豆明显的分化为两个亚群体，而在栽培大 豆中地方品种和育成品种出现混杂。两份大豆聚类图均显示一份野生大豆均和 栽培大豆地方品种聚在一起，根据这份野生大豆以及与该野生大豆亲缘关系最 近的大豆地方品种的地理来源推测栽培大豆可能起源于黄淮地区。 关键词：大豆，驯化，育种，SNP，单倍型 II Abstract ABSTRACT 140Functional were in chosen62 are genefragments soybeans，which and cultivars诚m wild，landraces composed谢Ⅱ1 improved geographical for of structure representative the andtheruleofits studyingg