珍珠贝亚目和蚶目DNA条形码与系统发生学及研究.pdf

珍珠贝亚目和蚶目DNA条形码与系统发生学研究 珍珠贝亚目和蚶目DNA条形码与系统发生学研究 摘要 DNA条形码技术作为一种用于物种鉴定的新兴技术正引起广泛的关注。它能弥补 传统形态学鉴定的缺陷，推动生物多样性研究的发展。DNA条形码技术自从提出后就 在许多动物类群中得到成功应用，但它的推行也引起了许多的争议。DNA序列不仅能 用来有效地鉴定物种，而且还能推断物种间的系统发生关系，这就是所谓的分子系统学。 分子系统学的发展有助于我们更深刻地理解各物种间的演化关系。珍珠贝亚目是双壳类 软体动物中最有经济价值的类群，蚶目中的许多物种也已成为养殖和采捕的主要对象， 但目前针对这两大类群的生物多样性以及系统发生学的研究却很少。本研究我们首先验 证了DNA条形码技术的可行性，然后将DNA条形码技术用于珍珠贝亚目和蚶目物种 的鉴定中，最后用多个分子标记研究了这两大类群的系统发生关系。具体研究结果如下： 1．DNA条形码技术在扇贝科种类鉴定中的应用 我们对扇贝科8个种63个个体的线粒体COI和16SrRNA基因的部分序列进行了 测序，其它4个物种的相应序列从GenBank中获得。种间与种内序列的差异分析显示 的遗传距离都远远大于种内的遗传距离，存在条形码间隙。基于COl和16S基因的邻 接树(NJ)显示所有物种都以较高的支持度形成相互独立的单系群。两者都充分证明了 DNA条形码能有效地鉴定这些扇贝科物种。利用贝叶斯分析方法，扇贝科的系统演化 关系也在本研究中进行了讨论，得出的结果与基于贝壳微结构和幼虫形态特征研究基础 上的Waller的分类系统虽然在亚科与属的水平上有些差异，但基本一致。 2．珍珠贝亚目DNA条形码研究 本研究对珍珠贝亚目75个个体的COl基因和16SrRNA基因进行测序，计算所得 序列的K2P遗传距离，并构建了系统发生树，结果显示暂定为Pinctadasp．J和Pinctada sp．的两个个体和定为Plicatulasp．的一个 sp．2的个体应该为长耳珠母贝，定为lsognomon l 珍珠贝亚甘帝f蚶召1啊芹条形谒与系统发生学研究 个体应分别为细肋钳蛤和简易襞蛤，同定为Sponaylussp．的个体并没有形成一个单系， 研究的75个个体应该归属于圩个种。17个种的C01和16SrRNA基因种间遗传距离都 超过了种内遗传距离，并达到了10x阈值；分子系统树也显示所有的种都构成单系群。 这表明DNA条形码技术能对珍珠贝亚目物种进行有效鉴定。此外，通过对COl基因和 16S 因。 3．珍珠贝亚目系统发生学研究 (16S)重建了珍珠贝亚目的系统发生关系。结果表明，除贻贝超科和蚶超科，其它类群 形成了两个支持度很高的分支；第一个分支由珍珠贝超科、牡蛎超科和江珧超科构成， 珍珠贝超科与牡蛎超科构成姐妹群，最后再与江珧超科聚为一支；第二个分支由扇贝超 科和不等蛤超科构成，扇贝超科内的襞蛤科与不等蛤超科聚为一支，使扇贝超科呈现并 科内扇贝科与海菊蛤科互为姐妹群，表明它们的亲缘关系很近；襞蛤科没有与牡蛎超科 牡蛎亚目是不恰当的。本研究得到的系统发生结果质疑了目前基于形态学建立的分类系 统。 4．蚶目I)NA条形码研究 Genbank中下载了19条蚶目物种的COI基因同源序列，对这些序列进行变异位点数、 单倍型个数和K2P遗传距离等分子多样性指数的计算，并构建了系统树。将形态学和分 子数据综合起来考虑，蚶目的133个个体属于24个种。种内个体最大遗传距离为O．155， 发生于泥蚶海南文昌群体与其它群体之间；种问最小遗传距离为0．064，发生于毛蚶属 胀毛蚶与未知种Scapharcasp．之间。由于泥蚶种内群体间高度的遗传分化，种内个体 遗传距离与种间个体的遗传距离发生重叠。然而，构建的NJ树及贝叶斯树显示所有的 物种都以较高的支持度形成相互独立的单系群。本研究结果证实了基于COl基因的DNA 条形码技术可以有效地鉴定蚶目贝类，还可以显示种内群体间高度的遗传变异、纠正形 11 珍珠贝亚目和蚶目DNA条形码与系统发生学研究 态鉴定可能导致的错误。 5．蚶目系统发生学研究 斯和最大似然法分析呈现了蚶目的系统发生关系