第八章 化学物质与核酸的相互作用.ppt

化合物与DNA的结合方式 根据DNA分子结构特点，作用于DNA的小分子药物一般又分为烷化剂（包括交联剂）、嵌入剂、DNA沟区结合剂以及DNA断裂剂。 许多新型的DNA结合剂常常具有双重特点，如将具有选择性的沟区结合剂或嵌入剂上连接烷化剂、催化水解、氧化的活性基团形成专一性的新型烷化剂、断裂剂或断裂剂。 1，靶向DNA小沟区的非共价作用 DNA双螺旋的表面有两个凹下去的槽，一个大槽和一个小槽，分别称为大沟和小沟。大沟区中有大量的氢键受体和供体，它们的亲和力决定了该区有较强的序列识别能力，主要结合一些特异性蛋白。 分子量小于1 000的小分子，包括一些抗生素，主要作用于小沟区。这是由于DNA小沟区常常处于一种空穴状态，易受外界物质的攻击。 小分子药物与DNA作用主要是与胸腺嘧啶基C-2位的羰基氧或腺嘌呤基N-3位的氮原子形成氢键，虽然同样的基团在GC碱基对上也存在，但鸟嘌呤上的氨基对氢键的形成有空间位阻作用。 沟区结合剂的结构特征 典型的小沟区结合的药物分子具有以下特征： 1，由几种简单的芳香杂环结构如呋喃、吡咯、咪唑或苯环构成平面共轭体系； 2，整个分子常常呈“月牙”形状； 3，分子两端一般含有碱性的氨基、咪基或胍基。 这些芳环由扭转自由的键来连接，由此产生合适的扭转力来匹配小沟区内的螺旋曲线，取代沟区中的水分子并与DNA双螺旋链个沟区的碱基对边缘通过氢键、范德华力、静电相互作用在小