蛋白激酶A结构、功能及其抑制剂的分子模拟的研究.pdf

摘要 于茼雯 类丝／苏氨酸蛋白激酶，在细胞信号转导方面扮演重要的角色。PKA全酶(R2C2) 由调节亚基(R)与催化甄基(C)组成，被第二信使3’，5’．环腺苷酸(cAMP) 激活，释放出具有活性的催化亚基。PKA的催化亚基作为激酶中代表性的结构， 是这十几年研究的热点。PKA对生长、分化、特定基因的表达以及糖原分解起 调节作用，其活性异常与许多疾病相关，是药物设计的潜在靶点。本论文围绕 着磷酸化和结构水对PKA催化亚基的结构与功能的影响以及PIC催化亚基与 抑制剂的结合模式进行了理论计算方面的研究。 1．PICA催化亚基活化loop(activation loop)上Thr-197的磷酸化对蛋白结 构和功能有重要的影响。为了探讨磷酸化在PKA催化亚基中所起的作用，对催 合物(C伊KS复合物)分别在磷酸化和去磷酸化的状态下进行了5纳秒的分子 动力学模拟。结果表明，在非磷酸化的模拟中，关键的磷酸化位点Thr-197所在 的活化loop区柔性增加，但该loop区不会翻转并挤占蛋白底物的结合口袋，这 合理解释了去磷酸化不影响PICA与其蛋白底物的结合速率这一实验现象。C．螺 旋的构象对激酶的活性有重要的影响。在非磷酸化的模拟中，Thr-197与C．螺旋 上的His一87之间不存在相互作用，导致C．螺旋偏离了原来的位置，并最终改变 了活性口袋ATPT磷酸根基团的位置，这破坏了磷酸化线性转移的方式，从而降 低了非磷酸化体系中磷转移的速率。 2．水分子对生物大分子的结构、稳定性、动力学性质和功能方面有重要的 影响。为了研究PKA催化亚基大叶三个结构水分子对蛋白结构和功能的影响， 对催化亚基与抑制剂BD2复合物分别在含有三个结构水和不含有三个结构水的 状态下进行了2．5纳秒的分子动力学模拟。结果表明这三个水分子分别与周围两 个残基形成非常稳定的氢键，降低了这三个结构水周围残基的柔性，而且影响催 化亚基与BD2的结合模式。虽然这三个水分子远离抑制剂BD2的结合口袋，但 摘要 是它们通过氢键网络影响了活性口袋的残基与抑制剂BD2的结合模式。在不含 与抑制剂BD2之间的相互作用。 3．由于蛋白激酶ATP结合口袋一级序列的高度同源性与三维结构的保守 性，其抑制剂的选择性设计一直是医药和信号传导研究领域的一个棘手的难题。 为了探讨抑制剂BD2对PKA和PKC高选择性的作用机制，以PKA催化亚基与 BD2复合物的晶体结构为模板，通过同源模建与分子对接的方法构建蛋白激酶C pII(PKCpII)与BD2复合物的结构，并对这两个复合物分别进行了2．5纳秒的 分子动力学模拟比较BD2与PKA、PKCBII结合模式的异同，结果表明BD2与 PICA形成7个氢键，与PKC BII形成了5个氢键，其中PKA非保守性残基Thr-183 配的残基是Ala-483，由于该残基侧链没有氢键受体，不能与BD2形成氢键。 BD2与PKA的疏水相互作用比其与PKCDⅡ的强，这种疏水差别主要表现在BD2 的A环、B环。氢键作用和疏水作用的不同是BD2对PICA和PKCBII具有高抑 制选择性的内在因素。BD2与PKA和PKC BII的相互作用模式的差异合理解释 了BD2的高选择性，这为设计高选择性的balanol类似物抑制剂的进一步结构修 饰提供思路。 4．为了寻找3,5-二取代吡啶类化合物结构修饰的思路，首先对抑制剂 (CoMFA模板分子，化合物29)与PKA复合物进行分子动力学模拟，研究抑 三维定量构效关系(3D．QSAR)。分子动力学模型显示化合物29终端吡啶环的氮 原子与Val．123存在氢键作用，中间的吡啶环与Lys．72之间存在氢键作用，手性 代毗啶类抑制剂与蛋白激酶A／B结合模式的特征。CoMFA和CoMSIA模型有良 好的预测能力，其等值线图能很好地解释实验结果，可指导新的3，5一二取吡啶类 lI 摘要 化合物的设计。根据CoMFA和CoMSIA模型的提示，喹啉环的l位引入电正性 且体积较小的取代基，在吲哚环的2位引入电负性的取