ABEEMσπMM应用于酶和抑制剂自由能的计算及其β发夹水溶液的动力学模拟.pdf

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2015-12-22 发布于安徽
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∽Y删1…8㈣9㈣0㈣27卿 ABEEMan／MM一酶与抑制剂结合自由能的计算及B-发夹水溶液的动力学模拟目录目录中文摘要………………………………………………………………………………………．I Abstract…………………………………………………………………………………………………………………．．IV 第一章绪论 1．1生物酶．永恒的研究课题……………………………………………………………．1 1．1．1酶．生命的催化剂………………………………………………………………l 1．1．2酶与抑制剂的作用．活跃的科学前沿研究热点之一…………………………1 1．1．3酶抑制剂概述…………………………………………………………………2 1．2分子力场………………………………………………_……………………………4 1．2．1分子力场函数形式……………………………………………………………5 1．2．2电负性均衡原理与分子力场的简单结合……………………………………17 9 1．2．3电负性均衡原理与分子力场的协调结合(CIEEM)…………………………l 1．2．4 ABEEM07c／MM分子力场简介………………………………………………。19 1．3分子力学方法………………………………………………………………………30 1．3．1能量最小化方法概述…………………………………………………………30 1．3．2最小化方法的选择……………………………………………………………3l 1．4分子动力学概述……………………………………………………………………32 1．4．1分子动力学原理……………………………………………………………。33 1．4．2周期性边界条件与最近镜像…………………………………………………35 1．4．3积分步长的选取……………………………………………………………．．37 1．4．4分子动力学计算流程………………………………………………………．．38 1．4．5分子动力学模拟的初始设定和平衡态……………………………………。39 1．4．6分子动力学轨迹分析………………………………………………………。40 1．5水模型与溶剂化效应………………………………………………………………一4l 1．5．1显性溶剂模型………………………………………………………………。42 1．5．2连续介质模型…………………………………………………………………42 1．6分子对接与结合自由能的计算……………………………………………………．43 1．6．1分子对接研究概况…………………………………………………………．．43 1．6．2分子对接的原理………………………………………………………………44 1．6．3分子对接方法的分类………………………………………………………。44 1．6．4结合自由能的概述……………………………………………………………45 ABEEMomMM一酶与抑制剂结合自由能的计算及俨发夹水溶液的动力学模拟 1．6．5 LIE方法的原理………………………………………………………………．46 1．6．6 LIE方法的应用…………………………………………………………………47 第二章ABEEMo州MM应用于HIV-I蛋白酶与抑制剂相互作用的研究 2．1引言……………………………………………………………………………………………………………．48 2．2模拟体系和计算方法………………………………………………………………50 2．2．1模拟体系………………………………………………………………………50 2．2．2计算方法………………………………………………………………………52 2．2．2．1ABEEM