高丹草ESTSSR标记的开发及其遗传多样性研究.pdf

摘 要 本论文通过利用高粱 EST 序列开发 SSR 引物，全面分析了高粱EST 序列中 SSR 的特性，并对所设计的引物进行检测；同时利用开发的引物对高粱、苏丹草和高丹草 等 60 份材料进行了 EST-SSR 标记分析，并且结合对其 9 个农艺性状的研究，对供试 材料进行了遗传多样性的综合分析，为进一步研究与利用提供了分子水平的依据。 其主要结果如下： 1．从NCBI 数据库获得 210878 条高粱 EST 序列，处理后得到全长 37481kb 的 无冗余 EST 序列 57498 条。共搜索出 3338 个 SSR 分布于 3116 条 EST 中，其中207 条 EST 含一个以上 SSR，平均每 11.28kbEST 出现一个 SSR。 2 ．搜索结果中，二至六核苷酸重复均存在，其中三核苷酸重复最高，占 68.33%， CCG 和 GCC 出现频率最高，二核苷酸重复占 17.97%，GA 出现频率最高。四、五、 六核苷酸重复率远低于三、二核苷酸重复，共 占13.7%。 3 ．搜索出的 SSR 序列中共有 215 种基元重复类型，所有基元长度范围在 18-108bp。 4 ．对 3338 条 SSR 序列进行 EST-SSR 引物设计，共有 1694 条序列能够设计出引 物，所占比例为 50.75% 。选取94 对引物进行合成，扩增结果表明，61 对引物可以在 三种材料 13A、21 和 D012 中扩增出清晰的条带，26 对引物可在三种材料中检测出 多态性。其中，有 14 对引物扩增结果显示，D012 同时具有父母本 （13A、21 ）带型。 5 ．对 60 份材料的 9 个农艺性状分析结果表明，小穗数的遗传多样性指数最高为 1.94，其次分别为叶长、成株叶片数、穗长、株高、单株鲜重、茎重、分蘖数和叶宽； 单株分蘖的变异系数最大为 89.84% ，其次为茎重、单株鲜重、叶宽、穗长、小穗数、 株高、成株叶片数和叶长；主成分分析结果表明，在所有的主成分构成中，主信息主 要集中在前 4 个主成分，累积贡献率达到 88.38% ；聚类分析表明，在欧式距离 5.0 处把供试材料分为 5 类。 6 ．通过利用 14 对 EST-SSR 引物对 60 份材料进行扩增分析，共检测到 72 个等 位变异，平均每对引物检测出 5.14 个基因位点。每对 SSR 引物的多态性指数范围为 0.56-1.00，平均为 93.06% 。根据获得的 72 个等位基因，计算 60 份材料间的遗传相 似系数(GS)，其范围为 0.4167-0.9861，平均为0.7862 。对供试材料进行聚类分析，以 0 ．69 为阈值，可将供试材料按照亲缘关系的远近明显的将其区分为 5 大类群，并与 60 份材料的农艺性状聚类结果大致相吻合。 7 ．在开发出的 14 对引物中，发现 5 个特异的分子标记，其中，引物 D2318 只 对 314A 和棕壳苏丹草的后代 GZ192 产生特异条带，而在其他材料中均不出现，该标 记可以用于鉴别 314A 和棕壳苏丹草的后代材料。因此，该标记将在杂种鉴别中得到 应用。下一步将利用琼脂糖回收试剂盒对该片段进行回收测序。 关键词：高丹草；EST-SSR；标记开发；农艺性状；遗传多样性 Development of EST-SSR Marker and Genetic Diversity Analysis in Sorghum bicolor×Sorghum sudanenes Abstract This paper used the sorghum bicolor EST sequence to development SSR primer.We comprehensively analyzed the sequence of SSR in sorghum bicolor EST and tested it; meantime, we used the primer which has developed on sorghum bicolor,sorghum and sorghum bicolor ×sorghum of