牙鲆微卫星分子标记的筛选及其多态性检测.pdf

中国海洋大学硕士论文 牙鲆微卫星分子标记的筛选及多态性检测 摘要 olivaceusTenmdncketSchl 本文以牙鲆(助馏，ichthys ege])为材料，基 因组DNA经5日u3A I进行部分酶切后，选取400～1200bp大小的J{段连接到经 历耐IJ酶切的pUCl9质粒中，连接产物转化大肠杆菌Dtl5u构建r二j‘鲆选择片段 基因组文库。运用菌落杂交的方法，在牙鲆(Paradichthys07ivaceus)的小片 段基因组文库中筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆。使用(AC)．。和(AG)，。为探 针经过两次杂交后，共获得了20个牙鲆的微卫星序列，分别位于16个阳性克隆 中，其中完全型13个，不完全型5个，复合型2个。 利用生物信息学的方法，使用实验室自制软件RepeatReporCerl．5对牙鲆 ESTs数据库中的2992条EST序列进行了微卫星序列的筛选，结果得到265条含 有微卫星序列的牙鲆EST序列(标准是：7次以上重复的双碱基重复序列，5次 以上重复的三碱基重复序列，4次以上重复的四碱基重复序列，3次以上重复的 五碱基及六碱基重复)，占整个ESTs数据库的8．9％。其中双碱基重复序列为114 个，三碱基重复序列88个，分别占微卫星序列总数的43％年n 33．2％。在发现的微 卫星重复序列中重复次数介于3到3l之间，在114个双碱基重复中数量最多的 为AC／TG型重复，占双碱基重复总数的71．7％。在三碱基重复序列中，除CTT重 复较多，占全部三碱基重复序列的14．8％外，其余各种类型微卫星序列含量较为 平均。 在含有微卫星的序列中选取了28条设计引物，19对能够扩增出PCR产物， 利用30个牙鲆样本检测微卫星的多态性，发现16个有微卫星多态性的位点。等 位基因数从4到19不等，期望杂合度的范围从0．7175到0．9613，表明这些 微卫星标记都具有较高的杂合度。所有微卫星座位的PIC值从0．663到0．94， 表明这些微卫星位点在牙鲆中均具有较高的信息含量，适合进行各种遗传学分 析。 关键词：牙鲆，微卫星，多态性，数据搜索 中国海洋大学石贞士论文 ISOIationandcharacterizationofpoIymorphiC I microsateIireIociin0Iive fIounder(ParaI ichthys 0I_vaceus) Abstract Olive Dm，‘1CCblSlisa fish flounder(Paralichthyscommerciallyimportantaquaculture in thatis culturedChina．1heisolationand ofmicrosatelliteinOlive widely species being using flounderarcvacantin isnotfitforthe ofthe ofOliver China,which developmentaquaculture flounder．Inthis we twomethodstoobtainthemicrosatellitemarkersofOlive st