纳米通道中不同流场条件下高分子链稀溶液运动特性地分子动力学模拟.pdf

Molecular Dynamics Simulation on Movement Characteristics of Polymer Chain Dilute Solution under Different Flow Field in Nanochannel A Thesis Submitted to Chongqing University in Partial Fulfillment of the Requirement for the Master ’s Degree of Thermal Power Engineering By Zhaowei Xie Supervised by Prof. Qiang Liao Specialty: Power Engineering and Engineering Thermophysics College of Power Engineering of Chongqing University, Chongqing, China May, 2013 中文摘要 摘 要 近些年，微加工技术快速发展，产生了一批功能复杂、结构紧凑的微纳流体 器件，广泛的应用于化学、生物、生命科学等领域，其中最为典型的代表是微流 控芯片。微流控芯片的结构特征是微纳米通道网络，它们将芯片上功能不同的各 个部分连接起来，在进行基因测序、分离与检测时，DNA 和蛋白质等高分子化合 物的运动均发生在这些通道内。由于通道的受限作用及外部流场的存在，高分子 链的运动是一个非常复杂的动力学过程，受到众多因素的影响，如分子链的柔顺 性、外部驱动力的大小、受限程度的强弱及壁面性质等等，高分子链可以呈现出 的构象将受到限制，所以表现出完全不同于本体的运动行为。但传统的实验和理 论方法在研究高分子链微观运动过程方面具有一定的难度，而数值模拟方法研究 纳米通道内高分子链的性质，可预测DNA、蛋白质等生物大分子在纳米通道内流 动或静止生物溶液中的动态特性及构象，从而为优化微流控芯片内部的控制和传 输，设计出更紧凑、更高效的微纳流体器件提供理论依据。 本文运用分子动力学模拟方法研究纳米通道内高分子链的传输特性，首先研 究了非受限环境内高分子链稀溶液的构象参数和动态特性。再采用平衡分子动力 学方法研究了两平行平板构成的纳米通道内的高分子链稀溶液，获得了高分子链 的构象及运动特性。在前面工作的基础上，本文引进两种不同的剪切流场：泊肃 叶流和库埃特流，采用非平衡分子动力学方法，系统的研究在壁面与流场两种作 用相互耦合时高分子链的运动特性。本文通过分子动力学研究取得的主要成果如 下： 1) 当高分子链处于非受限环境中时，随着链长的增加，它的回转半径呈指数 增加，其构象变得越卷曲，随机运动能力逐渐减弱；溶液密度的增大不仅限制了 高分子链的随机运动能力、增强了团聚现象，而且导致了松弛时间的增加。 2 ）无论长链还是短链，随着通道高度和接触角的增大，高分子链的构象实现 了从二维构象向三维构象的转变；壁面的存在阻碍了短链的随机运动能力，而对 于长链，纳米通道既有阻碍高分子链运动的作用同时也具有解缠结的作用；通道 高度一定时，随着链长的增大，高分子更易呈现伸展状态，且主要在通道中心区 域运动。 3 ）高分子链处于泊肃叶流场内时，随着外力的增加，它的构象实现了从团聚 状向伸展状的转变，通道中心的密度值随着外力的增加而增大，密度分布曲线由 单峰分布变为两对称尖峰分布；无论外力如何改变，质心的位移随时间均呈直线 变化；当通道高度和施加的外力一定时，高分子链在 x 方向的移动速率及随机运 I 重庆大学硕士学位论文