序列替代蛋白质三级结构预测方法的研究.pdf

摘 要 蛋白质的结构决定功能。蛋白质数据库中新发现蛋白质数量的迅速增长和蛋白质结构 测定的复杂性决定了蛋白质三级结构预测是当前生物信息学研究的热点。本文中根据三级 ini哟方法应用范围的不同，提出了一 结构预测的两种最流行的方法：threat／hag方法和ab 种将二者结合的新的预测方法：序列替代预测法。 Threading方法应用于待测氨基酸序列在蛋白质数据库中与已解决结构的氨基酸序列 匹配度较高的预测目标。abini曲方法应用于序列在数据库中匹配度很低的预测目标。本 文提出一种方法，从已解决结构和匹配度较高预测序列出发，得到序列不同但结构类似的 序列的群组(二级结构群组)和两两对应(非二级结构片断：经验对应)，并将这些对应 建立数据库。对于threading方法中匹配度较低的待测序列，本方法将它拆分为二级结构和 结果作聚类，得到最优的模型。 文中提出了序列替代方法的系统架构，并对主要的算法进行了论述。基于系统的仿真 试验，证明了系统的可行性。最后还分析了本文未解决的问题和可能采取的解决方案，并 论述了本系统的优越性。 关键词：蛋白质三级结构预测序列替代序列片断Ⅱ螺旋B折叠模糊匹配聚类 initio ab threading Abstract theProteins of decidesitsfunction．Asthe of Thestructure development protein in the of methods inProteinDataBankand difficultyexperimentaldetermining of structures Protein ofthreedimensional proteins structure，the prediction this a becomesa inbioinformationresearchfield．In propose hotspot paper，we 2most new basedonthedifferent ofthe popular scopes approach application andabinitio． methods：threading prediction simi modeled andatleast The methodondetectable rely larity sequences threading