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不同dna序列映射对频谱3一周期性的影晌
第 34 卷第 5 期 南京工业大学学报(自然科学版) Vol. 34 No.5
2012 年9 月 JOURNAL OF NANJING UNIVERSITY OF TECHNOLOGY (Natural Science Edition) Sep. 2012
doi: lO. 3969/j. issn. 1671 一 7627.2012.05.025
不同 DNA 序列映射对频谱3一周期性的影晌
邵建峰IJF 伟2 严晓华赵剑l
(1.南京工业大学理学院，江苏南京 210009 j
2. 南京工业大学电子与信息工程学院，江苏南京 210009 )
摘 要: DNA 符号序列经过数值映射后其数字序列所具有的频谱3 一周期性被认为是用来区分编码区和非编码区
的一个重要特征。将常见映射分为 4 类，讨论了各类映射之间的关系;使用 Parzen 窗口密度估计法确定不同映射
下的 3 一周期信嗓比阂值，并利用在该闵值下的分类正确率指标对不同映射进行了评价;依据移动序列信嗓比曲线
给出敏感性、非震荡性2 种指标，比较了不同映射在利用 3 周期性进行基因编码区域识别上的优劣性。
关键词:3 一周期性;序列映射;基因识别;信嗓比阅值;分类正确率;敏感性;非震荡性
中图分类号: Q81 1. 4 文献标志码:A 文章编号: 1671 一 7627(2012)05 -0128 -05
Numerical mappings of DNA sequences and their effects
on 3-base periodicity behavior
1 2 1 1
SHAO Jianfeng , SHAO Wei ,YAN Xiaohua ,ZHAO Jian
(1. College of Sciences ,Nanjing University of Technology ,Nanjing 210009 ,China;
2. College of Electrioncs and Information Engineering ,Nanjing University of Technology ,Nanjing 210009 , China)
Abstract: After mapping the DNA sequence into numerical sequences ,the 3-base periodicity behavior of
the sequence was recognized as an important property for distinguishing coding regions from non-coding
regions. Common mappings were divided into 4 groups and their relationships were discussed. The Parzen
window estimation approach was used to obtain a signal-to-noise threshold ,by which the classification ac-
curacy and the performance of different mappings could be calculated. Based on the signal to noise curve
of the walk
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