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摘要 摘要 论文题目：SELEX．Seq绘制NF．1园DNA结合谱 学校名称：东南大学 研究生：陆洁 指导教师：王进科 转录因子结合谱是指转录因子能够特异性识别结合的所有DNA序列以及转录因子 对这些DNA序列结合的相对亲和性。绘制转录因子DNA结合谱对研究转录因子DNA 结合特异性及预测转录因子DNA靶点具有重要价值。目前将传统的指数富集配体进化 经成为绘制转录因子DNA结合谱最好的方法。 核因子1国(NF一1①)是一种序列特异性真核转录因子，与细胞免疫应答、炎症反应 和肿瘤发生关系密切，是目前转录治疗的药物筛选靶点之一。因此，为了充分了解NF—r,B p50 蛋白的高分辨率DNA结合谱的绘制研究。 机序列的单链寡核苷酸文库，文库中每一寡核苷酸的两端为PCR引物退火序列；之后 用引物退火，再用DNA聚合酶延伸的方法，将单链寡核苷酸转变成双链寡核苷酸文库。 对双链寡核苷酸文库进行凝胶迁移实验法SELEX筛选，富集NF．r,B p50蛋白结合DNA 获得9667032个读序片段(reads)。 DNA结合 入生物信息分析。通过对大量reads的抽样法MEME分析，获得NF—r,B p50 模体(motif)。通过各reads频率统计获得NF．r．B pS0对各种DNA序列的相对结合亲和 性，并选取不同亲和性序列用近红外荧光EMSA实验验证其相对亲和性。由此获得转录 因子NF．心p50蛋白高分辨率DNA结合谱。 mads中提炼转录因 研究；(2)对大量reads的抽样法MEME分析可有效地从SELEX．Seq 子DNA结合模体。 关键词：转录因子；DNA结合谱；SELEX-Seq Abstract ofNF-,cBwith Title：ProfilingDNA-bindingspectrum SELEX-Seq M渔STER：LUJie SUPERVISORS：ⅥrANGJin-ke School：Southeast University of factorreferstoallDNA whichcanbe DNA-bindingspectrumtranscription sequences factorin manner relative of bound a andthe bytranscription specific bindingaffinity factortothem．The of isof valuein great transcription profilingDNA—bindingspectrum and of researchingDNA-bindingspecificityforecastingDNA-bindingtargetstranscr