不同地区自然发乳中乳酸乳球菌多位点序列分型研究.pdfVIP

摘 要 本研究以分离自内蒙古赤峰市、巴彦淖尔市、呼伦贝尔市、锡林郭勒盟和鄂尔 多斯市，西藏自治区、青海省、云南省、四川省、甘肃省和蒙古国的204 株乳酸乳 球菌为研究对象，应用多位点序列分型技术，通过双向测序技术获得dnaA 、pyr G、 rpoB 、groEL 、recA 、clpX 、carB 、murC 、pep N 、pep X 、murE 和phe S 12 个持家基 因的序列，将其拼接、核对后用BioNumerics v6.0 构建等位基因图谱并确立序列型 (STs) ，进而对204 株乳酸乳球菌进行分型，系统分析菌株间的系统发育进化关系。 结果表明： (1) 204 株乳酸乳球菌共分为75 个STs，分离自相同地区的乳酸乳球菌分离株大 多有着相同的STs。75 个STs 经过eBURST 分析后，共形成 13 个分型组，28 个独 特型。13 个分型组中有7 个克隆复合体。其中CC26 包含乳酸乳球菌分离株最多， 被认为是较为原始的CC 。 (2) 通过最小生成树分析，结果表明 204 株乳酸乳球菌之间的进化关系，大部 分与分离地之间的距离远近呈现正相关性，分离自不同地区的菌株可能大部分是由 分离自赤峰市的菌株进化而来。另外最小生成树分析还发现了两株被 16S rDNA 序 列分析方法鉴定为 Lactococcus lactis subsp. lactis 的菌株亲缘关系与 Lactococcus lactis subsp. cremoris 更近。 (3) 系统发育分析结果表明，分离自相同地区发酵乳中的乳酸乳球菌的 STs 大 部分聚集在同一类群。分离自内蒙古赤峰市的菌株群体分化时间较长，说明分离自 不同地区的204 株乳酸乳球菌可能由同一祖先进化而来，而这一祖先菌株可能来源 于内蒙古赤峰市。 本研究对不同地区的204 株乳酸乳球菌进行多位点序列分型研究，初步建立了 一种新的乳酸乳球菌的分型方法，为乳酸乳球菌的MLST 数据库提供了丰富的数据 资料。通过比较各个菌株等位基因序列的差异，初步了解菌株基因序列的进化关系， 并分析不同地区的乳酸乳球菌的遗传背景，从而推演乳酸乳球菌的进化历程，为世 界范围内乳酸乳球菌的群体结构和遗传进化研究、以及优质发酵剂的筛选奠定基础。 关键词：传统发酵乳制品；乳酸乳球菌；多位点序列分型技术；持家基因 Multilocus Locus Sequence Typing of Lactococcus Lactis from Traditional Fermented Dairy Products in Different Regions Abstract This study was to investigate the evolutionary relationship of 204 isolates of Lactococcus lactis collected from Chifeng City, Bayan Nur City, Hulunbeir City, Xilin Gol League and Ordos Ctiy of Inner Mongolia, and Tibet, Qinghai, YunNan, Szechwan, Gansu and Mongolia by multilocus sequence typing (MLST) . The sequences of 12 housekeeping genes (dnaA, pyr G, rpoB, groEL, recA, clpX, carB, murC, pep N, pep X, murE and phe S) were acquired by Bidirectional sequencing technology, and forward and reverse sequences were trimmed, aligned, and analyzed by BioNumerics v6.0, an allele number was given to each distinct combination of