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第三章 質譜技術與蛋白質體學 Mass Spectrometry and Proteomics 陳玉如 中央研究院 化學研究所/基因體研究中心 副研究員 一、前言 近來，幾種重要的生物基因體定序計畫陸續完成，蛋白質體學成為後基因時代生命科學 領域最重要的課題之一，以質譜為主的技術平台已成為研究蛋白質體學的主力工具之一。基 於蛋白質在定性及定量分析上的需求，生物質譜儀器的發展日新月異；質譜技術因為能對大 量蛋白質進行快速、靈敏的鑑定及定量分析，因此對蛋白質體學的研究造成革命性的衝擊； 藉由分析蛋白質體在不同狀態下的表達量差異及其轉譯後修飾，我們得以一窺細胞生理變化 奧秘，找尋擔任調控的關鍵因子，以利於新藥開發的研究，本篇文章，我們將以質譜技術為 出發點，介紹質譜儀的硬體設備、運作原理及蛋白質的鑑定技術，並簡介質譜技術搭配蛋白 質分離方法在蛋白質體定量分析上的策略。 二、蛋白質體學的興起和質譜技術的發展 (1, 2) 廿一世紀初，人類基因體密碼提早被科學家破解 ，其他的物系如酵母菌（yeast），大 腸桿菌（E. coli）…等也陸續完成，這些大量的基因結構訊息提供了生命科學領域一個全新 的藍圖，可用以研究基因、疾病及生命在不同階段或生理狀態之間的關連性；相較於基因， 蛋白質往往才是功能的執行者；蛋白質體學（proteomics）的概念自從 1995 年被提出後(3) ， 蛋白質體（proteome）的分析便成為後基因時代生命科學領域最重要的課題之一；簡單地說， 蛋白質體學是針對整體蛋白質作定性、定量及功能的分析，但由於蛋白體在數量及結構上的 (1, 2) 複雜性遠超過基因體，人類30,000 個基因 所能表現的蛋白質即可能超過 100,000 個，再 加上轉譯後修飾作用（post-translational modification，PTM），其複雜性難以估計，這些蛋 白質體的複雜程度和其中許多蛋白質的低含量（low abundance）驅使了高靈敏度分析儀器 的需求；質譜法在近十年來彷彿進入文藝復興時期，不論在游離方法的開發、偵測的靈敏度、 解析度或精確度方面，都以讓人應接不暇的高倍率成長，隨著生化學家們從後基因體時代正 式跨入蛋白質體學的領域，在這波蛋白質體的研究熱潮中，質譜技術成為分析方法的主流之 21 一，以質譜法研究蛋白質結構的序列（sequence），蛋白質轉譯後修飾及蛋白質-蛋白質作用 （protein-protein interaction），有許多成功的例子，蛋白質身分鑑定（protein identification， (4, 5) protein ID）已是一個可例行性操作的技術 ，對於針對不同狀態的蛋白質體之全面性分析， 近來也有許多技術的突破，以質譜技術為主的技術平台及相關應用極廣，因此本文前半段將 著重於質譜儀的硬體設備、運作原理及蛋白質的鑑定技術，後半段將描述相關蛋白質體分離 技術的配套及在蛋白質體定量分析上的應用。 三、質譜儀技術 1. 質譜技術在蛋白質體研究中的角色 以質譜法分析蛋白質體是一新興的分析技術，它之所以成為分析蛋白質體的主力工具， 主要來自幾個領域技術的突破。首先是新的游離法出現，90 年代末期，John B. Fenn 教授及 F. Hillenkamp 教授，Koichi Tanaka 先生分別以電噴灑游離法（electrospray ionization，ESI） 和基質輔助雷射脫附游離法（matrix-assisted laser desorption/ionization，MALDI）成功地 (6-8) 偵測到蛋白質分子 ，開啟了質譜技術在蛋白質分析的新紀元，同時，質譜