苹果est-sr引物的开发及部分品种亲缘关系分析.pdfVIP

摘要 苹果属(MalusMm．)植物分布广泛，栽培历史悠久，种质资源极为丰富。苹果属植物 基因型高度杂合，种质之间的遗传关系和演化过程等许多理论问题利用传统的分析方法难以 解决。开发适用于苹果的EST-SSR标记对于研究苹果属种质资源的起源演化、亲缘关系以及 遗传多样性等具有重要意义。本研究利用NCBI数据库中苹果EST的SSR位点，开发了35对 缘关系进行了研究。研究结果如下： 苷酸为重复单元的序列最多，为4421条，在二核苷酸重复类型中又以CT／TC形式的SSR最为 丰富，其次为AG／GA。 2．从筛选出的8217条可利用的EST-SSR序列中随机选取部分序列，依据引物设计原则， 利用PrimerPremier5．0软件设计出35对EST．SSR引物。 3．通过对苹果EST-SSR反应体系进行优化，确立了最佳体系。即在25皿体系中，MgCh 94(2变性45s，52(2退火 量为30rig，引物浓度为O．4邺l-L-1。扩增程序为94(2预变性5mira 45s，72℃延伸lm／n，进行30个循环；72C延伸lOmim4C保存。该体系稳定可靠，适用于 苹果SSR分析。 4．利用8％的聚丙烯酰胺凝胶电泳对35对引物进行筛选，以条带的多态性和稳定性为标 准筛选出16对多态性较好的引物。利用这16对引物对118份苹果品种基因组DNA扩增，共扩 增出等位基因位点138个，位点数的变化从3到13不等，平均每对引物检测到8．62个位点，总 的多态性比率为94．2％，各引物的多态性比例分布于81．8％--100．O％。 5．根据EST-SSR谱带数据统计结果，应用NTSYS-I∞2．0e软件进行遗传相似系数计算， 118份苹果品种的相似系数的变化范围在0．481．00之间，说明供试苹果种质资源问的遗传变 异比较大，遗传多样性较高。利用UPGMA法构建聚类树状图，在相似性系数0．65处可将118 个供试材料分为五大组：其中第一组又可分为两个亚组，包含了绝大部分供试材料；第二、 三、四和五组包含的品种数目分别为12个、11个、3个和2个；第五组与其它组亲缘关系较远， 相似性系数仅为0．48。 关键词：苹果；EST-SSR引物；亲缘关系；聚类分析；相似性系数 2 of EST-SSRPrimersand DevelopmentApple PhylogeneticAnalysis ofPartCultivars Supervisor：Professor．SongShang-wci Master Juan Candidate：Wang contains numberof ABSTRACT：Malus a Mill．，which large SpeCies，widely inworld谢廿lcultivated ofthe distributed long history．Becamehighlyheterozygous theoretical as of genotype，manyproblems，suchgeneticrelationships，process a evolutionthe notbesolvedtraditionalmethods．As amonggermplasms，couldby marker are suitab