美國癌症基因體圖譜計畫tcga(thecancergenomeatlas)簡介.pdfVIP

內科學誌　　2013 ：24 ：43-47 TCGA (The Cancer Genome Atlas) 鄒佩玲　吳昌俊 美國德克薩斯大學MD安德森癌症研究中心　基因體醫學部 摘　要 癌症基因體圖譜TCGA (The Cancer Genome Atlas) 是一個以促進研究者對癌症的分子機制 了解為目標的實用資源 。本篇文章將簡述這些資料的種類及性質 ，介紹標準分析報告 ，並摘 錄包括神經膠質細胞瘤glioblastoma (GBM) ，卵巢癌(ovarian cancer) 等等及近數月來陸續新發 表的重要研究結果 ，以期對從事相關研究的同仁們有所助益 。 關鍵詞 ：癌症(Cancer) 基因體(Genome) 生物資訊(Bioinformatics) 資料庫(Database) 織樣本 ，血液樣本 ，進行全面的基因體資料擷 前言 取和整合性的分析 ，以期藉此促進對癌症的分 癌症基因體圖譜TCGA(The Cancer Genome 子生物機制進一步的了解( 資料處理及研究分工 Atlas)1 是 由美國National Cancer Institute (NCI) 流程如圖一) 。 及N ational Human Genome Research In stitute 此項計畫在神經膠質細胞瘤(Glioblastoma)2 3 (NHGRI) 於2006 年動的大型研究 。此計畫目 及卵巢癌 成功的證實了資源集中策略能有效加 標是冀望透過更全面性 ，系統性的瞭解惡性腫 速癌症研究 ，近年已擴展到超過二十種腫瘤( 表 瘤形成 、生長 、轉移等過程的分子生物基礎及 一) 。截至2012 年11月為止 ，TCGA 研究團隊 病理機轉相關的基因體變化 ，以期促進癌症早 已發表多篇論文於國際知名期刊中2-12 。 期診斷及加速治療發展的腳步 ，更進一步而或 最重要的是 ，此計畫的資料和大部份分析 能預防癌症的發生 。 結果皆公開於網路上 ，可供瀏覽及下載 。世界 TCGA 計畫的執行 ，乃藉由結合美 、加數 各地的研究者皆可共享此珍貴資源 ，並應用在 個大型醫學研究中心的組織樣本 ，儀器設備 ， 自己的相關研究中 。至今有七種癌症資料因相 及研究團隊 ，對特定癌症大規模地蒐集數百位 關論文已發表或接近發表(Glioblastoma, ovarian, 病人的臨床病歷紀錄和腫瘤及其相對應正常組 breast , colorectal, endometrial, lung squamou s 聯絡人 ：鄒佩玲　通訊處 ：Department of Genomic Medicine, Division of Cancer Biology, MD Amderson Cancer Center, University of texas, 1901 East Rd, 4SCR6.1314, Houston TX, 77030, USA 44 鄒佩玲　　吳昌俊 cancer, clear cell kidney cancer) ，基於這些癌 本篇文章將簡單說明這些資料的種類及性 症資