大豆LEA基因家族全基因组鉴定、分类和表达.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(19):3945-3954 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.19.004 大豆LEA 基因家族全基因组鉴定、分类和表达 李 乐，许红亮，杨兴露，李雅轩，胡英考 （首都师范大学生命科学学院，北京100048） 摘要：【目的】鉴定大豆全基因组中的LEA 家族基因，对其进行定位、分类以及组织表达分析，为植物 LEA 基因的功能研究与利用提供基础。【方法】利用大豆基因组数据库，通过生物信息学手段，鉴定并获得大豆LEA 家 族基因的全序列、定位和拷贝数信息；通过序列比对进行进化和分类分析；利用大豆发育表达芯片数据、NCBI 中 UniGene 的EST 表达数据进行组织表达谱分析。【结果】系统地分析鉴定了 36 个大豆的LEA 家族基因，根据结 构域的差异和系统发育分析将这些LEA 基因分成8 个亚家族。基因定位分析结果表明，这些基因分布于大豆的 16 条染色体上，启动子分析表明，几乎全部LEA 基因的启动子区含有逆境反应顺式作用元件。各个发育阶段表 达谱的分析结果表明，多数成员至少在一个组织中表达，10 个差异表达的基因中有5 个在种子发育时期优势表 达，另外5 个在其它部位优势表达。【结论】通过全基因组扫描，获得大豆基因组的36 个LEA 家族基因，它们 分属于8 个不同的亚家族，分布于 16 条大豆染色体上，启动子区含有逆境相关顺式作用元件，基因表达具有一 定特异性。 关键词：LEA 基因家族；全基因组鉴定；进化分析；差异表达基因 Genome-Wide Identification, Classification and Expression Analysis of LEA Gene Family in Soybean LI Le, XU Hong-liang, YANG Xing-lu, LI Ya-xuan, HU Ying-kao (College of Life Science, Capital Normal University, Beijing 100048) Abstract: 【Objective 】 Identification, phylogenetic and tissue specific expression pattern analysis of LEA family genes in Soybean will be helpful to study the functions of plant LEA genes. 【Method 】Based on soybean genome database and bioinformatic method, soybean LEA family genes were identified and their gene sequences, chromosome location and duplication information were obtained. LEA proteins were classified according to their structure and phylogeny relationship. The soybean developmental expression database and EST data from NCBI UniGene were used to analyze the expression pattern of these genes at different development stages. 【Result 】A total of 36 LEA genes were systematically identified from soybean and classif