基于关联分析的新陆早棉花品种农艺和纤维品质性状优异等位基因挖掘.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(15):2891-2910 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.15.001 基于关联分析的新陆早棉花品种农艺和 纤维品质性状优异等位基因挖掘 1,2 2 2 3 2 2 2 1 聂新辉 ，尤春源 ，鲍 健 ，李晓方 ，惠 慧 ，刘洪亮 ，秦江鸿 ，林忠旭 1 2 （华中农业大学植物科学技术学院作物遗传改良国家重点实验室，武汉 430070 ； 石河子农业科学研究院棉花研究所，新疆石河子 832000 ； 3 长江大学，湖北荆州 434025 ） 摘要： 【目的】寻找与新陆早棉花品种农艺和纤维品质性状相关联的分子标记，鉴别与这些性状相关的优异 等位变异及携带优异等位变异基因的典型载体材料，为新陆早棉花品种分子设计育种奠定基础。【方法】利用筛 选出分布于26 条染色体且多态性高的75对 SSR标记对51 份新陆早棉花品种进行多态性扫描；采用R 语言编程软 件对多环境的表型性状绘制boxplot图；在对供试材料进行群体结构和连锁不平衡分析的基础上，利用TASSEL软 件中MLM（mixed linear model）方法进行分子标记与15个性状的关联分析；依据计算的表型效应值，鉴别和统 计优异等位变异的位点及典型材料。【结果】通过群体遗传结构分析将51 份新陆早棉花品种划分为4 个亚群结构。 针对15个表现型性状的BLUP（best linear unbiased prediction）结果进行统计和分析，鉴别出极显著和显著 相关的性状。分析结果显示，在 4 种环境条件下，棉花 5 个性状（果枝始节高、果枝始节数、衣分、纤维上半部 长度和短纤维率）变化趋势稳定，10个性状（株高、果枝数、叶枝数、有效铃数、单铃籽棉重、单铃皮棉重、马 克隆值、比强度、纤维整齐度和纤维伸长率）较稳定。通过关联分析，获得与农艺性状相关的等位变异位点 117 2 2 个（ P ＜0.05），其中对 9 个农艺性状贡献率（R ）最大的等位变异位点分别为：BNL3650b（株高，R =11.78；果 2 2 2 2 枝始节高， R =20.80；果枝始节数，R =11.54）、NAU3995c（果枝数，R =14.86）、BNL119b（叶枝数，R =9.7）、NAU3995d 2 2 2 （有效铃数， R =14.98）、BNL3255a （单铃籽棉重，R