苹果基因组SSR位点分析与应用.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(21):4415-4428 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.21.010 苹果基因组SSR 位点分析与应用 1 1,2 1 1 1 1,2 1,2 关 玲 ，章 镇 ，王新卫 ，薛华柏 ，刘艳红 ，王三红 ，乔玉山 1 2 （南京农业大学园艺学院，南京 210095 ； 教育部园艺作物种质创新与利用工程研究中心，南京 210095 ） 摘要：【目的】通过对‘金冠’苹果基因组SSR 位点的统计分析，为蔷薇科果树应用 SSR 分子标记进行高通 量的遗传分析提供理论与实践基础。【方法】运用NCBI 数据库中‘金冠’苹果基因组数据，分析其SSR 位点分布 情况，并根据SSR 位点的搜索结果，设计68 对引物（每条染色体设计4 对），利用苹果品种对所设计引物进行应 用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测。【结果】苹果基因组中 SSR 序列主要是完全重复型，17 条染色体共 存在 163 426 个SSR 位点，平均每隔3.22 kb 存在 1 个。单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均 匀，而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大。单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大，两者占基因 组内SSR 位点总数的91.67%，单核苷酸重复基序主要以A/T 重复为主，二核苷酸的重复基序主要以AT/TA 重复为 主。在苹果品种中验证所设计的68 对引物，有62 对可以扩增出预期目的片段，37 对存在扩增多态性。在梨杂交 群体上应用所设计的68 对引物，有40 对具扩增目的片段，其中 16 对具扩增多态性。【结论】苹果基因组内SSR 分布呈现一定的规律性，初步验证SSR 位点在亲缘关系较近的物种间高度保守并可以通用，基于基因组数据发掘 SSR 位点用于后续的相关遗传研究具有可行性。 关键词：苹果；基因组；SSR；应用 Evaluation and Application of the SSR Loci in Apple Genome 1 1,2 1 1 1 GUAN Ling , ZHANG Zhen , WANG Xin-wei , XUE Hua-bai , LIU Yan-hong , WANG San-hong1,2, QIAO Yu-shan1,2 1 2 ( College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095; Engineering Research Center of Horticultural Crop Germplasm Enhancement and Utilization, Ministry of Education, Nanjing 210095) Abstract: 【Objective 】In order to provide a theoretical and practical foundation for the genetic analysis of Rosaceae fruit trees which based on the SSR marker