蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段序列的测定及其系统发育分析.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(23):4736-4744 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.23.018 蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段序列的测定及其系统发育分析 1 1,2,3 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1 燕 薇 ，沈中元 ，唐旭东 ，徐 莉 ，李前龙 ，肖圣燕 ，乐亚杰 ，付绪亮 1 2 3 （江苏科技大学，江苏镇江 212018 ； 中国农业科学院蚕业研究所，江苏镇江 212018 ； 农业部蚕桑遗传改良重点开放实验室，江苏镇江 212018 ） 摘要：【目的】克隆蓝叶虫微孢子虫RPB1（RNA聚合酶II大亚基）基因片段 ，对其基因及编码的蛋白序列特 征进行生物信息学分析，进一步明确蓝叶虫微孢子虫的分类学地位，为深入探究RPB1基因编码蛋白的具体生物学 功能奠定基础。【方法】根据家蚕微孢子虫RPB1基因序列，采用Primer Premier 5.0软件设计6对同源引物，利 用 PCR 技术克隆蓝叶虫微孢子虫 RPB1 基因片段；通过 GSDS、SMART、DNAstar、MEGA4.1 等生物信息学分析软件 对蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段进行系统发育分析。【结果】克隆得到了蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段序列，在 GenBank 登录号为 KJ728831。该基因片段的长度为 2 933 bp，包含一个长为 2 922 bp 的开放读码框，预测编码 的蛋白质由 974 个氨基酸组成，蛋白分子量为 109.38 kD，等电点为 7.087。蓝叶虫微孢子虫 RPB1 基因片段结构 为单外显子结构，编码的蛋白含有4个结构域：RPOLA_N、RNA_pol_Rpb1_4、RNA_pol_Rpb1_5和RNA_pol_Rpb1_6。 其中，RPOLA_N 结构域在原核和真核生物中都是非常重要的结构域。该蛋白质的二级结构主要由 4 种形式组成： α螺旋、无规则卷曲、延伸链和 β转角。α-螺旋和无规则卷曲所占比例相当高，延伸链主要位于 α-螺旋和无规 则卷曲之间。N-末端以 α-螺旋的形式存在。多序列比对与系统进化分析发现，蓝叶虫微孢子虫和Nosema bombycis、 N. trichoplusiae、Nosema sp. CPP、N. fumiferanae、N. disstriae、N. tyriae、N. granulosis 7 种 Nosema 属微孢子虫聚类在同一进化支。蓝叶虫微孢子虫 RPB1 基因编码的蛋白与同一进化支上的其他 7 种微孢子虫 RPB1 基因编码的蛋白相似度在 81.9%—99.6%，分化度在 0.004—0.049。蓝叶虫微孢子虫与 N. bombycis 的 RPB1 基因 序列相似性高达99.6%，并与 N. bombycis 具有非常近的亲缘关系。【结论】成功克隆了蓝叶虫微孢子虫RPB1基 因片段，对其系统进化分析进一步证实了蓝叶虫微孢子虫确实属于Nosema 属。 关键词：蓝叶虫微孢子虫；RPB1基因；结构域；系统发育分析 Sequencing and Phylogenetic Analysis of the RPB1 Gene of Nosema sp. PA 1 1,2,3 1,2 1,2 1,2