利用全基因组SNP芯片分析油菜遗传距离与杂种优势的关系.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(12):2469-2478 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.12.020 利用全基因组SNP芯片分析油菜遗传距离与杂种优势的关系 1,3 1,3 1 1 1 1,2,3 1 1 桑世飞 ，王 会 ，梅德圣 ，刘 佳 ，付 丽 ，王 军 ，汪文祥 ，胡 琼 1 2 ( 中国农业科学院油料作物研究所/ 国家油料作物改良中心/农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室，武汉 430062 ； 贵州省油料作物研究所， 3 贵阳 550006 ； 中国农业科学院研究生院，北京 100081) 摘要：【目的】利用单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，简称SNP）标记估算油菜优异亲本 间的遗传距离，分析其与杂种优势间的关系，探讨利用 SNP 标记预测油菜杂种优势的可行性，为油菜杂种优势利 用育种提供指导。【方法】将油菜波里马细胞质雄性不育系的6个保持系（1019B、1055B、6098B、8908B、6019B、 ZS11B）和 8 个恢复系（R1、R2、R3、R6、R9、R10、R11、OR1）采用不完全双列杂交试验设计配制得到的 46 个 F1 杂种及其亲本，在湖北武汉、贵州贵阳和安徽巢湖3 种生态环境下考察株高、分枝部位高度、一次有效分枝数、 结角密度、主花序有效长、主花序有效角果数、单株有效角果数、每角粒数、千粒重及单株产量共10个产量相关 性状，统计各性状在每个F1 组合中的杂种优势，包括中亲优势和超亲优势。利用油菜全基因组60K SNP芯片对14 个亲本进行基因型分型，对分型得到的 SNP 标记经质控后利用 MEGA5.0 软件估算亲本间的遗传距离，采用非加权 类平均法（unweighted pair group method arithmetic averages，UPGMA）对亲本进行聚类分析，利用 SAS9.1 软件进行遗传距离与性状杂种优势的相关性分析。【结果】14 个亲本经油菜全基因组 60K SNP 芯片进行基因型分 型后共得到 52 157 个 SNP 位点，经质量控制后，最终筛选出 40 201 个 SNP 有效位点用于亲本遗传距离计算及聚 类分析。14个亲本中以6098B与6019B的遗传距离最小，ZS11B与R6的遗传距离最大，所有亲本间的遗传距离介 于0.1883—0.8811，平均为0.5217。14个亲本被分成4个主群，6个保持系为一个主群，8个恢复系中OR1单独 为一个主群，R1、R3、R11为一个主群，R2、R6、R9、R10为一个主群，证明恢复系群体的遗传变异大于保持系， 分群结果与实际系谱相符。所考察的 10 个性状的中亲优势均值变幅为-0.07%—38.78%，超亲优势均值变幅为 -7.74%—20.78%。10个性状中除了一次有效分枝数外，其他性状的杂种优势效应显著，尤其是株高、每角粒数、 分枝部位高度和单株产量，平均中亲优势分别达到 6.83%、15.31%、16.13%和 38.78%，正向中亲优势组合数分别 有 45、41、46 和 46 个；平均超亲优势分别达到 3.18%、5.19%、7.85%和 20.78%，正向超亲优势的组合数分别有 41、31、42 和 44 个。10 个性状中株高、分枝部位高度和单株产量的杂种优势与遗传距离的相关系数达到极显著 正相关水平，该 3 个性状的中亲优势与遗传距离的相关系数分别为 0.4200、0.5033 和 0.4711，超亲优势与遗传 距离的相关系数分别为0.3884、0.4051和0.4038，而其他性状的杂种优势与遗传距离