小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图.pdfVIP

中国农业科学 2010,43(3):452-461 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.03.002 小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图 潘海涛，汪俊君，王盈盈，齐照良，李斯深 （山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室，山东泰安 271018 ） 摘要：【目的】利用小麦EST 序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST 序列（2006.4.18—2007.2.4）进行SSR查找，采用Primer5.0软件设计 EST-SSR引物，选用3个小麦品种进行有 效性检测，利用 RIL 群体和 Mapmaker/Exp3.0 软件进行遗传作图。【结果】在 265 362 条普通小麦 EST 序列中， 共发现6 314个SSR，占整个 EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多，分别为2 237（35.43%） 和2 084（33.01%）个。二核苷酸重复中，以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%， 其次是CA/GT（4.07%）和AC/TG（2.53%）；三核苷酸重复中，CAA/GTT（3.93%）、CGG/GCC（3.83%）、CGC/GCG（3.36%）、 GGC/CCG（3.14%）、CTT/GAA（2.53%）、TGC/ACG（2.27%）以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计 了596个EST-SSR引物对，选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明，165个引物对（85%）可以扩增出稳 定清晰的带型；在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26 个位点有多态性，将其中的23个位点整合到已有的小 麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记，EST序列是小麦SSR标记的重要来源。 关键词：小麦，EST-SSR，分子标记，RIL，遗传图谱 Development and Mapping of EST-SSR Markers in Wheat PAN Hai-tao, WANG Jun-jun, WANG Ying-ying, QI Zhao-liang, LI Si-shen (National Key Laboratory of Crop Biology/College of Agronomy, Shandong Agricultural University, Tai’an 271018, Shandong) Abstract: 【Objective 】 The objective of this study was to develop new simple sequence repeat (SSR) markers from EST (Expressed sequence tag) sequences (EST-SSR markers) for wheat. 【Method 】 The wheat EST sequences from GenBank/dbEST (from April 18, 2006 to February 4, 2007) were used to search for SSRs, EST-SSR primer pairs were designed using Primer5.0 software, the validity of primer pairs were detected using three wheat varieties, and the marker loci were mapped using RIL population and Mapmaker/Exp3.0 software. 【Result 】From the 265 362 w