中国三个牛种遗多样性和分子系统进化研究.pdf

摘 要 本研究采用PCR产物，Sanger双脱氧链终止法自动测序技术，测定了我国饲 养的14个黄牛品种(其中两个引进品种)84个个体和5个牦牛品种(类群)33个 个体的线粒体DNA控制区(D—loop)全序列，分析结果表明： Ibp和912bp，检测到83个 我国饲养的黄牛D--loop全序列长度为910bp、91 多态位点，占分析位点总数的9．10％，其中单一多态位点19个，简约信息位点64 个；核苷酸位点突变类型有五种，即转换、颠换、插入／缺失及转换与颠换共存。确 定了45种单倍型，其中单倍型H10和H6为中国黄牛的主体单倍型，中国本地黄牛 品种38种单倍型，其中32种单倍型为相应品种所特有。各单倍型在品种问和品种 内的分布和频率均不平衡，所测定的】4个黄牛品种单倍型平均多样度为0．9593± 单倍型类型丰富。黄牛品种内各序列平均核苷酸差异数19．675，核苷酸多样度 范围较大(0．000一0．053)。结果表明我国黄牛具有非常丰富的遗传多样性。群体核 D中性检 苷酸不配对分布曲线是一条不规则的多峰波浪型曲线，所有序列Tajima’s 验结果不显著(pO．01)，表明中国黄牛在过去没有出现群体扩张。分子方差分析表 明，品种阃的方差组分占总变异的26．5％，品种内的方差组分为73，50％，经检验差 P值，大部分品种测差异不显著， 异极显著(pO．01)，进一步分析各品种问的Fst 部分品种『白J差异显著或极显著。表明我国黄牛品种『fIJ出现了显著的遗传分化。 本研究在国际上首次测定了牦牛线粒体DNA控制区(D—loop)全序列，并采用 了克隆测序，反向测序进行验证．表明结果是准确可靠的。牦牛线粒体DNA控制 区全序列长度为891 bp至895bp。T、C、A、G四种核苷酸的含量分别为28．5％、 中简约信息位点36个，单一多态位点11个；核甘酸变异类型有转换、颠换、捅入／ 缺失四种。确定了24种单倍型，单倍型H6和H4为中国牦牛的主体单倍型，各单 倍型在品种阃分布不平衡，所测定的5个牦牛品种(类群)单倍型平均多样度为 牛D--loop单倍型类型丰富。牦牛的品种内各序列平均核苷酸差异数10，936。核苷 155％，品种删双 酸多样度1．231％：牦牛品种间核苷酸分歧度(Dxy)从0．760％-2 参数距离范围为O．003-0．029。结果表明我国牦牛遗传多样性丰富。 我国牦牛控制区全序列核萤酸数量比我国黄牛少15—21bp，核营酸变异率牦牛 约一倍。表明我国黄牛遗传多样性较牦牛丰富。 试验测定了我国饲养的黄牛】3个品种82个个体、牦牛5个品神(类群)31个 个体和水牛4个地方类群18个个体的线粒体DNA细胞色素b部分(420 bp)序列． 分析结果表明： 黄牛中发现i1个多态位点，单一信息位点6个，筒约信息位点5个，确认了 13种单倍型，单倍型核苷酸平均差异数为2．33l，核苷酸多样度为O，555％，品种问 val、Tyr七种氨基酸组成含量有差异。牦牛中发现9个变异位点，单一信息位点4 个，简约信息位点5个，确定了6种单倍型，单倍型核苷酸平均差异数1，798，核苷 两种氨基酸组成含量存在差异。水牛中发现5个多态位点，单一信息位点2个，简 约信息位点3个，确定了5种单倍型，单倍型核苷酸平均差异数为1．065，核菅酸多 样度为O．254％，没有发现氨基酸变异。结果表明，中国黄牛遗传多样性较牦牛丰富， 中国水牛遗传多样性贫乏：线粒体DNA D--loop区遗传多样性较Cytb基因遗传多 样性丰富。 b基因核苷酸的变异类型在黄牛中为转换和颠换，在水牛和牦牛中只有转 C)a 换，三种牛均以转换为主，没有缺失／插入；核苷酸的替换三种牛均发生在密码子的 第三位，三种牛均以同义替换为主，黄牛各品种