中国六个牛品种ck,pp基因snps检测及其与生长性状相关分析.pdfVIP

摘 要 本实验分别以郏县红牛、南阳牛、秦川牛、鲁西牛、草原红牛和中国荷斯坦奶牛 6 个群体共 1390 份血样为实验材料，并提取基因组 DNA 作为后续试验中 PCR 的模板。 主要运用 DNA 池测序，PCR-SSCP 技术以及 PCR-RFLP ，Forced PCR-RFLP 相结合 的方法，对牛 CCK 基因和 PP 基因进行了遗传变异的检测，对二基因的群体遗传结构以 及遗传多样性进行了分析，并分别分析了 CCK 和 PP 基因不同基因位点在郏县红牛、南 阳牛和秦川牛 3 个群体的多态性与其生长性状的关联性。从而检验二基因的多态位点对 所研究的牛群体生长发育的遗传效应。希望能检测出对经济性状具有显著效应的遗传标 记，为我国地方牛的高效选育和分子标记提供理论依据。本研究获得了以下主要结果： 1.六个牛品种 CCK 基因 SNPs 的筛选与多态性分析 本实验主要是在基因组水平上筛选 CCK 基因的突变情况，筛选工作在中国六个牛 品种中进行，共筛选出 5 个突变。检出 5 处 SNP 分别在 5’端，第一外显子，内含子，3’ 端。在检测到 5 个 SNPs （NW_001494083 ：617GA、1224TC、1275GC、5200TC 和 5341CT ）中只有 1224TC、1275GC 位于编码区，并且 1275GC 是一个错义突变， 该突变导致该基因序列上一个内切酶 PVU Ⅱ切割位点的消失。5200TC 位于 CCK 基因 的内含子区，且该处变异导致了一个新的Xsp Ⅰ酶切位点的产生。5341 位 CT 的突变 导致了EcoR Ⅱ酶切位点的消失。Forced PCR-RFLP 的方法分别对 617 位 GA 和 1224 位 TC 进行检测。在检测到的 SNP 不同基因型位点仅有部分群体处于 Hardy-Weinberg 不平衡的状态，绝大部分群体处于 Hardy-Weinberg 平衡状态。在第一外显子上的两个连 锁突变的多态信息含量在南阳牛和鲁西牛处于中度多态（0.25P0.05 ），其余突变位点 的多态均为低度的。基因型分布的x2 独立性检验结果显示：在不同的牛品种之间，它们 的差异也比较大。第一外显子的两个连锁突变形成的不同基因型在南阳牛（NY ）与鲁 西牛（LX ）品种之间差异不显著（P0.05 ）；秦川牛（QC ）与草原红牛（CY ）和荷斯 坦奶牛（CH ）品种之间差异不显著（P0.05 ）；草原红牛（CY ）与中国荷斯坦奶牛（CH ） 品种之间的差异是不显著的（P0.05 ）；郏县红牛（JX ）与中国荷斯坦奶牛（CH ）品种 之间的差异存在显著相关（P0.05 ）；其余的品种两两之间均存在极显著差异（P0.01 ）。 5’端突变的 Forced PCR-RFLP 分析结果显示：郏县红牛和南阳牛均与秦川牛，草原红牛， 中国荷斯坦奶牛之间存在着极显著的差异（P0.01 ）；鲁西牛与中国荷斯坦奶牛之间也 存在极显著的差异（P0.01 ）；草原红牛与鲁西牛之间也存在显著差异（0.01P0.05 ）； 而其余牛品种之间的差异不显著（P0.05 ）。内含子的分析结果为郏县红牛和南阳牛均 与其他四个牛品种之间均存在极显著的差异（P0.01 ）；且郏县红牛与南阳牛，鲁西牛 之间也存在着显著的差异（0.01P0.05 ）；而其余牛品种间差异不显著。3’端突变 PCR-RFLP 分析结果显示出：南阳牛与秦川牛，草原红牛，中国荷斯坦奶牛之间存在差 异极显著（P0.01 ）；秦川牛与郏县红牛，鲁西牛之间也存在着极显著的差异（P0.01 ）； I 郏县红牛和鲁西牛均与草原红牛，中国荷斯坦奶牛之间存在着显著差异（0.01P0.05 ）； 南阳牛与郏县红牛，秦川牛与草原红牛之间也存在显著差异（0.01P0.05 ）；剩下的牛 品种间差异不显著。 2.CCK 基因的多态性与三个主要牛品种的生产性状的关联分析 CCK 基因中二连锁突变形成的不同基因型与生产性状的关联分析结果显示：在南阳 牛群体中，12 月龄时，AB 基因型个体与 AA 基因型个体在体重上存在着显著的差异 （P0.05 ）；然而BB 基因型个体与 AA 基因型个体在胸围方面存在着极显著的差异 （P0.01 ）。18 月龄时，AB 和 BB 基因型个体在体重，体长，平均日增重和胸围性状上 与 AA 基因型均存在极显著的差异（P0.01 ）；BB 基因型个体与 AB 基因型个体在体重