第九章自由能计算药物设计的基本方法摘要.pptVIP

第九章 药物设计的基本方法 配体-受体相互作用及其结合自由能的理论计算 受体：药物在体内作用的位点，即药物作用“靶标”。现在受体概念已推广到生物大分子上特定的结合部位，即酶、离子通道和核酸等生物大分子都可作为药物的受体。 许多蛋白质重要的生理和药理功能，是通过与小分子相互作用体现出来，例如酶与底物的相互作用体现酶的催化功能。 因此对小分子配体-生物大分子相互作用有一个全面、准确的了解，是基于受体结构知识进行合理药物设计的基础，而其中对配体-受体结合自由能的计算机模拟和理论计算研究，在药物设计中起着十分重要的作用。 许多药物或其他生物活性分子的活性是通过与受体生物大分子的相互作用表现出来，所以药物与受体的结合亲和性（binding affinity）与药物的活性直接相关。 由热力学原理，结合自由能与结合常数存在： 9.2 配体-受体相互作用的热力学过程 配体（包括药物）与受体结合时，主要存在两种相互作用： （1）共价相互作用（酶催化底物水解形成过渡态复合物、烷基化抗癌药物-受体复合物等） （2）非键相互作用 （更为常见，利于药物的代谢和排泄） 9.2.1 结合亲和性 蛋白质和配体之间的相互作用涉及两个分子在一定时间内的物理接触，这些接触是特殊的并导致一种吸引力。 一般来说，蛋白质和配体的相互作用依赖于溶液中配体、蛋白质和盐的浓度： 当体系达到平衡时，离解平衡常数： 根据热力学