O型口蹄疫病毒基因组测序与分析.pdfVIP

— ２８— 江苏农业科学　２０１３年第４１卷第１２期 陈思敏，王琳萱，张印红，等．Ｏ型口蹄疫病毒基因组测序与分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１３，４１（１２）：２８－３２． Ｏ型口蹄疫病毒基因组测序与分析 １ １ １ ２ ２ ３ ３ 陈思敏 ，王琳萱 ，张印红 ，刁贺军 ，梁淑兰 ，任丽杰 ，张秀萍 （１．兰州大学公共卫生学院，甘肃兰州７３００００；２．辽宁省朝阳市动物疫病预防控制中心，辽宁朝阳１２２０００； ３．辽宁省朝阳市龙城区动物疫病预防控制中心，辽宁朝阳１２２０００） 　　摘要：为明了Ｏ型口蹄疫病毒基因组的结构特征及其变异与结构、功能的关系，以及系统发生关系，利用 ＤＮＡ Ｓｔａｒ程序进行了Ｏ型口蹄疫病毒基因组序列同源性分析、多重排比。结果表明，Ｏ型口蹄疫毒株（Ｏ／ＣＨＡ／９９）基因组 ＯＲＦ大小为６９９９ｎｔ，编码２３３２个氨基酸（ａａ）的多聚蛋白；口蹄疫病毒ＲＮＡ的保守性、变异性及其遗传变异，对理解 Ｏ型口蹄疫病毒的感染、宿主范围和传播有重要作用。 　　关键词：口蹄疫病毒；Ｏ型；变异分析；基因组；测序 　　中图分类号：Ｓ８５５．３　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１３）１２－００２８－０４ 　　口蹄疫（ｆｏｏｔ－ａｎｄ－ｍｏｕｔｈｆｉｓｅａｓｅ，ＦＭＤ）是口蹄疫病毒 区的９３～１０２密码子缺失造成口蹄疫在台湾灾难性暴 （ｆｏｏｔ－ａｎｄｍｏｕｔｈ－ｄｉｓｅａｓｅｖｉｒｕｓ，ＦＭＤＶ）在偶蹄类动物身上引 ［８－９］ 发 。Ｏ／ＡＳ／ＳＫＲ／２００２是泛亚血清型的１种，包含 １个完 起的一种急性、高度传染性疾病，其病原属于小 ＲＮＡ病毒科 整的３Ａ编码区，使其对猪具有高致病性，但对牛无致病 口蹄疫病毒属。交叉保护和血清学试验确证口蹄疫病毒有７ ［１０］ 性 。此外，猪感染另 １种 ＦＤＭＶ泛亚株（Ｏ／ＪＰＮ／２０００）后 个血清型：Ａ、Ｏ、Ｃ（欧洲型）、Ａｓｉａ１（亚洲 １型）、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、 表现出典型的口蹄疫临床症状，但在日本黑牛身上的症状是 ＳＡＴ３（南非型）。ＦＭＤＶ基因组为正向、单链ＲＮＡ，由８０００个 ［１１］ 非典型的，荷斯坦牛、绵羊和山羊不易被感染 。对 核苷酸（ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，ｎｔ）构成，包括５′非编码区（５′ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ Ｏ／ＪＰＮ／２０００毒株的２个不同表型结构蛋白的氨基酸序列进 ｒｅｇｉｏｎ，５′ＵＴＲ）、３′非编码区（３′ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄｒｅｇｉｏｎ，３′ＵＴＲ）和 行比较，发现存在２个突变位点：ＶＰ２的１３３位点和ＶＰ３的 ［１－２］ １个大的开放阅读框（ｏｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅ，ＯＲＦ） 。５′ＵＴＲ ５６位点［１２－１３］，这些替换位点可能影响肝素结合。 由１个短的Ｓ片段、１个多Ｃ碱基片段（９０％）和１个长的Ｌ 本研究针对Ｏ型口蹄疫病毒 Ｏ／ＣＨＡ／９９的细胞适应毒 片段构成，Ｌ片段包含３～４个重复的假结（ｐｓｅｕｄｏｋｎｏｔ，ＰＫｓ）、 株进行基因组测序和分析，并将 Ｏ／ＣＨＡ／９９的全基因组与 复制顺式作用元件（ｃｉｓ－ａｃｔｉｎｇｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎｅｌｅｍｅｎｔ，ＣＲＥ）、内 Ｏ／ＴＷ／９７和泛亚谱系１４个参考株序列进行比较，发现ＶＰ１、 ［２］ 部核糖体进入位点（ｉｎｔｅｒｎａｌｒｉｂｏｓｏｍｅｅｎｔ