自组装DNA链置换分子逻辑计算模型.pdfVIP

2012 年 第 57 卷 第 31 期：2909 ~ 2915 《中国科学》杂志社 自然科学基金项目进展专栏 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 自组装DNA 链置换分子逻辑计算模型 ①† ②† ②* ③ ①* 张成 , 马丽娜 , 董亚非 , 杨静 , 许进 ① 北京大学信息科学技术学院, 高可信度软件技术教育部重点实验室, 北京 100871; ② 陕西师范大学生命科学学院, 西安 710062; ③ 华北电力大学控制与计算机工程学院, 北京 102206 * 联系人, E-mail: dongyf@; jxu@ † 同等贡献 2012-06-01 收稿, 2012-09-04 接受 国家自然科学基金重大仪器专项 、国家自然科学基金重点项目 、国家自然科学基金国际重大合作项目 、国家自然科学基金面上项目、教育部博士点基金(20110001130016)、中国博士后特别资助项目(201104018)和博士后基 金(20100480128, 2011M500197)资助 摘要 将DNA 自组装与链置换技术相结合, 构建了DNA 分子逻辑计算模型. 通过输入DNA 关键词 信号链, 经特异性识别和链置换, 自组装初始结构发生变化, 并释放特定信号分子或结构作为 DNA 链置换 输出. 计算模型能通过 DNA 自组装结构电泳迁移率的改变输出计算结果. 计算系统在室温下 DNA 自组装 可自动触发、混合输入信号以及并行置换. 另外, 本模型中引入了单极和双极两种置换模式设 分子逻辑计算 分子智能 计, 其还具有并行信息处理和模块化组装等特点. 最后经实验验证, 通过输入特异性 DNA 分 模块化设计 子链置换, 该计算模型能正确输出逻辑计算结果. 近年来, 随着“摩尔定律” 的瓶颈逼近, 面对海量 算模型[12~15]. 值得注意的是, 2011 年 Science 和 信息处理, 传统电子计算压力倍增, 人们将目光逐渐 Nature 报道了加州理工学院计算机系的Winfree 教授 转移到新型计算领域. 基于全新模式的量子和分子 研究组利用 DNA 链置换技术实现简单的开平方运算 [4,5] 计算脱颖而出, 科学家试图利用纳米材料和技术, 来 和神经网络计算, 引起了信息计算领域的极大关注 . 实现超大规模信息处理. 特别是 DNA 计算领域, 其 DNA 分子链置换技术不仅能与荧光检测、DNA 自组 融合了信息, 生物, 纳米等多个学科, 成为有广泛应 装结合, 而且还可以进一步与纳米颗粒、量子点、蛋 用前景的热点研究领域[1~5]. 由于 DNA 分子的天然 白质等结合, 从而促进了包括并行计算、密码集成、纳 特性: 特异性、高并行性和微小性等, 在海量信息存 电子学等研究领域的共同发展. 储和处理过程中, 可以高容量保存以及并行操作, 具 本文将 DNA 自组装与链置换技术相结合, 构建 有显著优势. 这使得 DNA 计算极有可能成为未来计 了 DNA 链置换触