戊型肝炎病毒通性pcr引物的设计及其基因分型的研究.pdfVIP

中文摘要 戊型肝炎病毒通用性PCR引物的设计及其基因分型的研究 中文摘要 E，HE)是一种经消化道传播的急性病毒性肝炎，呈全球分布，以暴发流行或散发 戊型肝炎(Hepatitis E 感染的形式存在。戊型肝炎病毒(HepatitisVirus，HEV)是其病原体，为一无包膜的单股正链RNA病毒， 基因组全长约7．2kb，含有3个开放读码框架(OpenReading 基因序列的差异，可将HEV分为4个基因型，以缅甸株为代表的第1基因型、以墨西哥株为代表的第2基因 型、以美国株为代表的第3基因型和以新中国株为代表的第4基因型，各基因型义可分为若干基因亚型。 HEV基因分型对HEV的生物学特性研究、流行病学调查以及疫苗研发等均有重要意义。根据全基因序 列进行基因分型，由于采用了全部的基因信息，因此最为准确。但由于全基因组测序费时费力，故国内外 研究者大多选取HEV部分基因序列替代全基因组进行基因分型。目前，由于不同实验室用于基因分型的序 列的长度、位置不同，致使HEV分型不统一，分型结果也难以互相比较，影响了HEV基冈分型的可靠性和 基因分型标准的可能性。本研究内容主要包括以下两部分： 一、HEV通用性PCRiJI物的设计及其基因分型的研究 段被广泛用于HEV基因分型，且该区段后来被证实在目前5个常用的HEV基因分型区段中其与全基因组的 分型结果最为相近，但该套引物与现有的HEV序列出现了不匹配。针对HEV基因分型的现状，我们在MXJ 结果较1VEKJ区段更为准确，而且基于前者构建的系统进化树在自举值75％范围内的分支的数量也多于后 获得特异性扩增条带，测序后所得序列与GenBank原序列完全一致，验证了其在实际工作中可扩增出不同 变异程度的HEV基因片段，有助于发现新的HEV变异毒株。 二、南京地区散发性HE流行病学调查及病毒基因型分析 发性HE患者的发病情况进行了调查分析。发现散发性HE发病具有明显季节性，316例患者中，发病入数最 I 奎堕丕堂堡±堂垡堡塞 患者在性别、年龄分布亦有差别，男女之比约为2．4：1，发病高峰年龄在40岁～59岁之间，占全部病例的 44．3％，发病率显著高于其他年龄组。 一 将HEVuPdmer用于检测在南京地区收集的124份HEV IgM抗体阳性的临床血清标本，60份检测出特异 性HEV 化树，并结合核苷酸同源性分析进行基因分型。60例阳性标本毒株均为4型HEV，且分属于4个不同的基因 且出现了新的基因弧型，提示我国HEV基因变异在不断增大且呈逐年增高的趋势。结合以往的研究结果， 型为主的变化过程，且我国4型HEV基因皿型的分布呈复杂性的特征。 应具备三个基本条件：①该区段存在一定变异程度，可以替代全基因序列进行基因分型；②该区段侧翼序 列保守，易于设计PcR引物用于不同变异程度的HEV扩增，且设计的引物能够在实际工作中同时扩增出不 同基因型HEV毒株的基因片段；③该区段的核苷酸序列应达到一定的长度，以使基于遗传距离所构建的系 其扩增区段的HEV基因分型方法具有较高的可靠性和可信度，为建立统一、可行的HEV基因分型标准提供 了新的思路。 关键词戊型肝炎病毒；通用性引物；基因分型；聚合酶链反应 Ⅱ 英文摘要 and asetofuniversalPeR for of Designapplication primers ● n一 一‘一 ● of Evirus genotypinghepatitis