第六章生物信息学与基因芯片解析.ppt

第六章：生物信息学与基因芯片 生物信息学和基因芯片是生命科学研究领域中的两种新方法和新技术，生物信息学与基因芯片密切相关，生物信息学促进了基因芯片的研究与应用，而基因芯片则丰富了生物信息学的研究内容。 第一节：概述 什么是生物芯片（biochip）？ 生物芯片是指采用光导原位合成或微量点样等方法，将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等生物样品有序地固定于支持物的表面，组成密集二维分子排列，然后与已标记的待测生物样品中的靶分子杂交，通过特定的仪器对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析，从而判断样品中靶分子的数量。由于常用玻片/硅片作为固相支持物，且在制备过程模拟计算机芯片的制备技术，所以称为生物芯片技术。 根据芯片上固定的探针不同，生物芯片包括：基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片，根据原理还有元件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片。 一、基因芯片简介 （一）基因芯片的基本原理及生物信息学的作用 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。 基因芯片把大量已知序列探针集成在同一个基片上，经过标记的若干靶核酸序列通过与芯片特定位置上的探针杂交，便可根据碱基互补匹配的原理确定靶基因的序列。 通过处理和分析基因芯片杂交检测图像，可以对生物细胞或组织中大量的基因信息进行分析。 基因芯片的类型（一） 基因芯片按其材质和功能，可以分为一下几类： 元件型微阵列芯片 生物电子芯片 凝胶元件微阵列芯片 药物控制芯片 通道型微阵列芯片 毛细管电泳芯片 PCR扩增芯片 集成DNA分析芯片 毛细管电层析芯片 生物传感芯片 光学纤维阵列芯片 白光干涉谱传感器芯片 基因芯片的类型（三） 按基因芯片的支持物，可以分为： 薄膜型：如聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等。其点阵通过“点膜”形式制作，并 通过一定的方法使探针能够牢固地结合在上面。 玻片型：其点阵通过原位合成技术制作，点阵密度很高，必须借助于特殊的仪器对测 定结果进行解读和分析。 微板型：一种具有高密度、小容量测试孔的小型酶联免疫检测板 集成电路型 ：将杂交技术与微电子技术结合于一体有目的地通过电子装置检测或控 制DNA等生物大分子的作用过程。 基因芯片的类型（二） 按基因芯片点阵的制备方法，可以分为： 原位合成 适用于寡核苷酸。根据预先设计的点阵序列在每个位点通过有机合成的方式直接聚合得到所要求的探针分子。两种途径： 光刻法：可合成30nt左右，每步缩合率较低为95％左右，产率仅20％， 需要特殊的合成试剂。 压电打印法：可合成50nt左右，每步缩合率为99％以上，产率可达74％ 不需要特殊的合成试剂。 直接点样 多用于大片段DNA，有时也用于寡核苷酸，甚至mRNA。将合成好的探针、cDNA、基因组通过特定的高速点样机器人直接点在芯片上。 优点：方法较原位合成简单，定量准确，重现性好，使用寿命 命长 。 缺点：喷印的斑点大，探针密度低。 根据探针的类型和长度，基因芯片可分为两类。 其中一类是较长的DNA探针（?100mer）芯片 这类芯片的探针往往是PCR的产物，通过点样方法将探针固定在芯片上，主要用于基因的表达分析。 另一类是短的寡核苷酸探针芯片 其探针长度为25 mer左右，一般通过在片（原位）合成方法得到，这类芯片既可用于RNA的表达监控，也可以用于核酸序列分析。 基因芯片的相关技术包括：基因芯片的设计，基因芯片的制备、靶基因的制备、杂交和检测、检测结果分析等。 （二）基因芯片制备 基因芯片的制备主要有两种基本方法： 基因芯片的制备中支持物有多种，如玻片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等。 一是在片合成法， 在片合成法是基于组合化学的合成原理，它通过一组定位模板来决定基片表面上不同化学单体的偶联位点和次序。在片合成法制备DNA芯片的关键是高空间分辨率的模板定位技术和固相合成化学技术的精巧结合。 关键步骤：首先使支持物羟基化，使其表面衍生出羟基，并与保护基建立共价连接。 在片合成法主要优点：可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列，合成的阵列密度高，适合于制作大规模DNA探针阵列芯片，实行高密度芯片的标准化和规模化生产。 缺