第十八章基因组学分析.pptVIP

第十八章 基因组学和后基因组学 人类基因组计划 1990年正式启动； 2000年6月26日完成工作草图； 2001年2月12日中、美、日、德、法、英等6国科学家和美国的Celera公司联合公布了人类基因组图谱及初步分析结果； 2003年4月15日，上述6国又共同宣布了人类基因组序列图完成； 2004年10月，国际人类基因组测序联合体在nature周刊上发表了人类基因组常染色质全序列测定的论文。 人类基因组的结构特点 1.大小 全长3.2 × 109bp（3200Mb） 基因序列1.2 × 109bp（1200Mb） 基因间序列2.0 × 109bp （2000Mb） 基因平均长27kb，平均9个外显子／基因，编码序列平均1340bp ／基因 2.编码序列小 仅占1% 3.非编码序列大 占98%以上 4.重复序列多 遗传标记 形态标记 细胞学标记 蛋白质标记 DNA标记 DNA标记的优点： 不受环境的影响，不受发育阶段的限制，不受个体和生物器官的限制；基因组DNA变异丰富，可供选择的分子标记数量大大超过形态标记、细胞学标记和蛋白质标记的数量；大多数DNA分子标记是共显性的，符合孟德尔遗传规律可供遗传标记作图。 VNTRs标记：又称可变数目串联重复（variable number of tandem repeats）标记，呈共显性遗传，符合孟德尔传递规律。 STS标记：序列标签位点（sequence-tagged site）是在染色体上定位的、序列已知的单拷贝DNA短片段。 SNP标记：单核苷酸多态性标记（single nucleotide polymorphism）标记是同一物种不同个体基因组的DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。 遗传图谱（genetic map）：又称连锁图（linkage map），是指确定基因或DNA 标记在染色体上的相对位置与遗传距离 物理图谱（physical map）：指各遗传标记之间或DNA 序列两点之间，以物理距离来表示其在DNA分子上的位置而构成的位置图，以实际的碱基对或百万碱基对长度来度量其物理距离。 模式生物基因组研究 第二节 基因组测序与序列组装 基因组测序策略 1.自上而下（top-down mapping） 2.全基因组鸟枪法（whole-genome shotgun method）自下而上（Bottom-up approach mapping） 基因组测序方法与组装 末端终止法 化学修饰法 荧光标记毛细管电泳测序 DNA芯片 杂交测序 第三节 基因组图谱构建与应用 人类基因组遗传图谱的构建 1.经典遗传图谱的构建 首先判断用来做图的基因是否连锁，然后估计基因座位的图距，并排列出这些基因的相互远近关系，从而构建出一张基因的连锁图。 2.现代遗传学图谱的构建 建立精细的人类遗传图谱的关键是获得足够多的高度多态性的标记 第一代：RFLP （restriction fragment length polymorphism） 第二代：STR（short tandem repeat） 第三代：SNP （single nucleotide polymorphism） 物理图谱的构建 细胞遗传学图谱（cytogenetic map）：是将基因或DNA片段 直观定位于染色体上的物理图图谱，也称染色体图谱（chromosome map），它是把基因或其他被分离出的DNA片段定位在它所在的染色体区域，并且粗略地测出他们之间相聚的碱基长度。 限制酶切图谱是由一系列位置确定的多种限制性内切酶酶切位点组成，以直线或环状图式表示。 叠连群图谱是分辨在基因文库克隆中叠连群插入片段的顺序关系，通过相互邻接的两个片段间存在的重叠部分，推断出各叠连群覆盖整个染色体的克隆片段在染色体上的顺序 。 基因组图谱的应用 1.寻找新的基因 2.基因的克隆与分离 3.基因功能的预测 4.比较基因组学研究 5.基因定位 第五节 比较基因组学和功能基因组学研究 比较基因组学(comparative genomics) 是一门通过运用数理理论和相应计算机程序，对不同物种的基因组进行比较分析来研究基因组大小和基因数量、基因排列顺序、编码序列与非编码序列的长度、数量及特征以及物种进化关系等生物学问题的学科。 功能基因组学 运用高通量技术来系统分析基因功能及基因间相互作用、基因组的时空表达以及发现和寻找新基因。 基因打靶：指通过转染的DNA序列与细胞内同源的基因组序列（靶序列）之间进行同源重组，以改变靶序列来研究其结构和功能或进行基因治疗的技术。 反义mRNA技术：通过向细胞导入一段与特定编码mRNA互补的非编码RNA链，使其与该段mRNA特异性结合而定向阻抑靶基因表达的技术。 RNA干扰：双链RNA特异性地作用于与