碱基密码子进化突变稳定性概述.pptVIP

碱基、密码子进化、突变稳定性 一、碱基为什么是四个字母？ 从信息的角度考虑 1. 假设碱基数种类为N，序列长度为n，此序列的 信息量为： 2. 若该序列出现的概率表示为p(n, N)，则平 均信息量： 3. 序列的平均长度： 4. 信息量的极大化 利用拉格朗日未定乘子法： 化简可得： 转换突变： 嘌呤与嘌呤之间 或 嘧啶与嘧啶之间 颠换突变： 嘌呤与嘧啶之间 自对的突变率很小，例如A-A 2. 突变频率为： 这里K是一个密码字内碱基数目，a、b分别是转换和颠换突变常数。 3. 若氨基酸的数目为L，给定L下的突变率M： 讨论 1. N=4的稳定性是最高的，N=6次稳定。 2. 当L≤36，6种碱基的二联体（K=2）作为 密码子来编码氨基酸，稳定性也相当高。 3. 实验已发现某些类嘌呤和类嘧啶物质也可 构成碱基对，因此这种密码系统需要注 意。 4. 或者进化从原有基础上(N=4, K=3)扩展为 (N=6, K=3)，即保持三联体编码的道路。 二、遗传密码的简并规则 遗传密码的极高普适性和内在单纯性说明了密码表的构成遵循一定的逻辑。 我们试图从进化稳定性的角度说明现有密码表的结构，即讨论每一氨基酸和终止密码在密码表上的排布： 1. 每一多重态的简并规则；（局部性） 2. 多重态如何分布在密码表上。（整体性） 由密码表观察到： 1. 二度简并密码子分布在方块的上方或下方， 2. 四度简并密码子占据整个方块， 3. 三度密码子也仅在16方块中的一块， 即密码子1，2位相同，3位是突变。 4. 终止密码子三度简并。 5. 六度简并密码子是一个四度加一个二度。 讨论密码子的简并规则 前提假设： 发展总是向稳定化方向前进，即现在的密码表是目前最稳定的，能够抵抗碱基突变干扰； 对于每一假想密码子多重态，可定义一个突变危险性系数(mutational deterioration, MD), 代表这个多重态受到突变干扰的频率和引起的危险性。 MD的极小化可确定密码的简并规则。 突变危险性系数包括三类： a. 单碱基转换突变(U?C, G?A)，系数u； b. 单碱基颠换突变(U?A, G?C, C?A, U?G) ，系数v； c. 附加摆动突变系数wu, wv 只对密码子第三碱基有效 前提假定 4v u2v wvu-v wu-wvu+v wu4wv 危险性方面，转换突变大于颠换突变，摆动突变最大，特别是转换摆动突变 以下标志描述两密码子位置关系： 由于uv且u+wuv+wv 因此 即二密码子简并取转换相邻。 目前，9个二度简并都属于此。 从极小MD到次小MD的距离 氨基酸的不可取代性 将20种氨基酸的MD值除以简并度可定义为平均突变危险性(AMD)。 平均突变危险性反映了突变干扰的水平和危险性，此值应与氨基酸在蛋白质序列中的不可取代性一致。 氨基酸作为生命组织的基石，如果突变危险性越大，就应该越不应该被取代； 反之，突变危险性越小，所受约束越小，就容易被取代。 用突变危险性值代替不可取代性值，做线性回归，可得 PPT Page27 结果。 结论 遗传密码的形成，最终达到标准密码的形成是突变危险性极小化的结果，是稳定性原理在起作用。 密码作为噪声影响下的信息系统，其进化总是朝向于某个稳定结构。 理论与实验资料符合的非常好，为人工设计蛋白质开拓前景。 Ala: 0.52 四重简并 Val: 0.54 四重简并 Gly: 0.56 四重简并 Thr: 0.56 四重简并 Leu: 0.58 六重简并 Arg: 0.60 六重简并 Pro: 0.61 四重简并 Ser: 0.64 六重简并 Ile: 0.65 三重简并 Glu: 0.76 二重简并 Asp: 0.77 二重简并 Asn: 0.79 二重简并 Lys: 0.81 二重简并 Gln: 0.86 二重简并 Phe: 0.86 二重简并 His: 0.94 二重简并 Tyr: 0.98 二重简并 Cys: 1.12 二重简并 Met: 1.25 单重简并 Trp: 1.82 单重简并 氨基酸不可取代性 Volkenstein统计脊椎动物血红蛋白20种氨基酸 * * n足够大，N为一特定常数，有： 遗传信息的可复制性，碱基数N为偶数且一半嘌呤，一半嘧啶。 接下来考虑结构的稳定性： 1. 假设进化是以单碱基突变为主要形式， 突变有两种： a. 转换突变、b. 颠换突变 4K(=2, 3)