DNA条形码识别Ⅲ．媒介蚊类DNA条形码芯片的初步研究.pdfVIP

维普资讯 中国媒介生物学及控制杂志2008年 4月第 19卷第 2期 ChinJVectorBio Control，Aoril2008，Vo1．19，No．2 · 99 · 文章编号：1003—4692(2008)02—0099—05 【论 著 】 DNA条形码识别 Ⅲ．媒介蚊类 DNA条形码芯片的初步研究 赵明 ，谭玲 ，莫帮辉 ，刘伟 ，王仕应 ，曾晓茂 【摘要】 目的 利用DNA条形码信息研制DNA芯片，建立快速高效的医学媒介蚊类鉴定方法。方法 以蚊科 5 属 15种，共 30个样本为研究材料 ，获取其DNA条形码信息(COI基因片段序列)，采用基因块 motif技术，搜索 15个样 本的同源保守基因序列，制作虚拟DNA条形码芯片。虚拟电子杂交30个样本，应用软件Bio-Edit计算属、种及种内个体 间的同一性 ，应用 phylip3．66软件以最大简约法分别对杂交结果和原序列进行聚类分析比较。结果 选择 78个 DNA 片段制作一张虚拟DNA条形码芯片，计算属间的平均同一性为0．75，同一属内种间的平均同一性为0．84，种内个体间的 平均同一性为0．98，聚类分析结果一致。结论 研制的虚拟DNA芯片能够鉴定本研究中的 l5种蚊虫，利用DNA条形 码信息，设计 DNA芯片在理论上可行。 【关键词】 CO I基因；DNA条形码；DNA芯片；蚊虫 中图分类号：R384．1 文献标识码：A DNAbarcodeidentificationⅢ．AprimarystudyofDNAbarcodechiponmedicalmosquito ZHAOMing ，TANLing， MOBang-hui，LJU Wei，WAN G Shi—sing，ZENG Xiao~mao． Chengdu InstituteofBiology，ChineseAcademyof Sciences，Chengdu 610041，CKna Correspondingauthor：ZENGXiao-mao，E-mail：zengxm@cib．ac．cn A【bstract】 Objective Tovalidatethefeasibilityofthehigheffectivequickmethodestablishmentforthemedicalvcetor mosquitoidentificationbyDNA chip．Methods ThirtyCO IgenepartialsequencesoffifteenmosquitoeswhichbelongtOfive genuswereanalyzed．Thehomologousgenesequences offifteensequencesweresearchde bymotifnadaDNAbarocdechipin silicoWaSgeneratde．ThethirtyCO Igenepratialsequences werehybridizedinsilico，andtheidentitiesofdifferentgenus， differentspeciesinthestnegenusnaddifferentsamples ofonespceiewerenaalyzedbyBio-Edit．Theresultsofhybridizde in silioc nadDNA sqeuencewereclusterde andcomparde usingmaximum parsimonymethod byphylip3．66．Results A DNA bracod echipinsilioc withesventy-eightDNA fragmentWaS genreatde ．TheaverageidentityofdifferentgenusWaS 0．75，na d