MADS-box基因家族在蒺藜苜蓿的全基因组分析.pdfVIP

第 23卷 第 6期 草 业 学 报 233— 241 V01．23，NO．6 ACTA PRATACULTURAE SINICA 2014年 12月 MADS—box基 因家族在蒺藜苜蓿的全基因组分析 张军，宋丽莉，郭东林 ，郭长虹 ，束永俊 (黑龙江省分子细胞遗传与遗传育种重点实验室 哈尔滨师范大学生命科学与技术学院，黑龙江 哈尔滨 150025) 摘要 ：MADS-box基因家族是植物体内的重要转录因子 ，它们广泛地调控着植物生长、发育和生殖等过程 。本研究 以蒺藜苜蓿基因组数据为材料 ，采用结构域搜索方法 ，鉴定了 138个 MADS-box基 因。通过序列 比对系统进化分 析 ，将它们分成两大类 ：I型(92个)和 Ⅱ型(46个)。同时，通过染色体定位分析发现 ，134个 MADS-box基 因定位 在染色体上，还有4个MADS-box基因定位在 尚未完成最终拼接的超长片段上。蒺藜苜蓿的MADSbox基因家族 成员之间存在大量的基因重复，特别是 I型MADS-box基因，通过基因复制，MADS-box基因家族在染色体上形成 多个密集的MADS-box基因簇 。对蒺藜苜蓿的RNA—seq表达谱数据分析 ，发现 MADS-box基 因在心皮组织、花器 官等组织 中表达量较高，这表 明蒺藜苜蓿的MADS-box基 因家族广泛地参与苜蓿组织分化 、发育 以及生殖等过程 的调控，这将为进一步揭示MADS-box类转录因子在蒺藜苜蓿中作用机制提供了重要的参考。 关键词 ：蒺藜苜蓿 ；MADS-box；系统进化分析 ；基 因复制 ；表达模式 中图分类号：s816；s551 ．903；Q943．2 文献标识码 ：A 文章编号：1004—5759(2014)06—0233—09 DoI：10．1l686／cyxb2O14O628 MADS—box基因家族是一类转录因子，广泛地存在于动物、植物和真菌等真核生物，它们在N端含有一个 由 58～60个氨基酸组成的保守结构域 ，称为 MADS—box结构域 ]。MADS-box是一个可以结合 DNA序列的结 构域 ，它可 以识别结合 CArG基序 (CCIA]6GG)，并激活下游基 因的表达I3]。根据分子系统进化分析，MADS- box基因家族可以分为两大类 ：I型和 Ⅱ型，其 中：I型主要是指含有 SRF结构域 ，Ⅱ型主要含有 MEF2类似结构 域和植物中特异的MIKC类 MADS—box基 因。结合 MADS—box基因的结构特征，可以将 MADS—box家族分成 5个小类 ：I型的Ma、MJ3和 MT；II型的MIKC和 MIKC [1-2]。 在植物基因组中，MIKC类 MADS-box转录因子的结构和功能研究比较清楚，它们通常含有 4个结构域，分 别为 ：MADS—box(M)、Interveningdomain(I)、Kertain—likedomain(K)和C—terminaldomain(C)_3]。这些转录 因子在植物基因组特有的，在各种植物基因组之间是非常保守的，在植物生长 、发育等过程起到重要的调控作用， 比如 ：SOC1(SUPPRESSOROFOVERESPRESSION OFCONSTANS1)、FLC1(FLOWERING IOCUSC)， AGL24 (AGAMOUS—LIKEGENE24)、MAF1／FLM (MADSAFFECTINGFLOWERING)和 SVP (SHoRT VEGETATIVEPHASE)等 MADS—box基 因调控植物 的开花 时间_4 ；AP1(APETALA 1)、FUL(FRUIT— FUL)和 CAI(CAULIFLOwER)等 MADS-box基因调控花芽组织的形成E10-12；AP1、SEP1—3(SEPAILATA 1— 3)、AP3(APETALA3)、PI(PISTILLATA)和 AG(AGAMOUS)等 MADS-box基因控制植物花器官的形成和 种子的发育m。 。 根据分类学定义：苜蓿属含有 4个亚属，56个种 ，其 中最受科研人员关注的有 ：紫花苜蓿 (Medicagosativa) 和蒺藜苜蓿 (Medicagotruncatula)两个