microRNAs家族间负关联模式挖掘.pdfVIP

第29卷第5期 平顶山学院学报 Vo1．29No．5 2014年 10月 JournalofPingdingshanUniversity 0ct．20lg microRNAs家族间负关联模式挖掘 韦 鑫，陈庆锋 (广西大学计算机与电子信息学院，广西 南宁530004) 摘 要：microRNAs(miRNAs)广泛地存在于动植物的细胞中，它的前体具有发夹结构，并且具有很好的 保守性．miRNAs在生物体 内对细胞的生长、发育、死亡和病变起着重要作用．研究miRNAs家族间在生物体内的 调控关系，对miRNAs在生物组织中的表达进行关联分析和对miRNAs成熟序列、种子区域以及二级结构数据进 行相似性比较，从而了解miRNAs家族对生物体的调节机制．为了识别具有高相关性的miRNAs家族负关联模 式，引入相关系数来改进传统的挖掘频繁项集算法和用互信息来衡量miRNAs家族间的交互性． 关 键 词：miRNAs；关联分析；相关系数；互信息 中图分类号：QS11．4 文献标识码：A 文章编号：1673—1670(2014)05—0068—07 相似性来挖掘miRNAs间的关系，从而识别miRNAs 0 引言 在基因调控网络中的作用，但是其算法在计算miR— microRNAs(miRNAs)是一类长度约为22个核 NAs序列和二级结构相似度时只考虑了长度问题， 苷酸的内源性非编码蛋 白质的单链小分子 RNA， 且计算两者的相似度采用同一度量方式，忽略了找 由长度约为70nt的pre—miRNAs经过 Dicer酶剪 到序列和二级结构最佳匹配时的情况，种子区域H0j 切得来…．第一个miRNAs分子(1in一4)于 1993年 作为在物种间保守的序列也没有被考虑进去． 被 Lee等 在线体虫中发现，lin一4在线体虫的发 由于高通量生物技术的快速发展，目前有很多 育阶段并不编码蛋 白质，而是与靶 mRNA分子 生物数据库提供了miRNAs序列和 miRNAs前体 lin—l4的3’UTR区形成不完全的配对 ，从而抑制 发夹结构的检索服务，为更好地研究miRNAs提供 其表达，最终导致蛋 白质合成减少，调控线体虫的 了大量的资源．例如，miRbase是一个提供 miRNA 生长发育过程．随后的研究发现 J，miRNAs还可 序列、注释、结构、基因靶标预测等信息的生物数据 以利用互补配对机制对靶mRNA特定位置进行完 库l1川，其发布的miRNAs序列一共包含了 193个 全配对来使其降解，达到调控生命过程的作用．比 物种，通过检索miRNAs得到的信息包括：miRNAs 如在哺乳动物中，let一7和肿瘤基因的表达抑制有 前体的茎环结构、成熟序列和实验数据的参考文 关 】，mir一10与肿瘤的转移和侵袭有关 J．在植 献，对于跨物种研究miRNAs的成熟和发夹序列提 物中，mir一319对植物的生长发育、叶子形成和叶 供了丰富资源． 子衰老等过程起着重要的调控作用 J，mir一399 数据挖掘能够从海量数据中提取隐藏于其中 可以通过调节蛋白质的水解机制中某些成分来控 的有着潜在价值的信息和知识，已经被广泛运用到 制植物体 内磷的水平 73．miRNAs调控着生物的整 生物的数据处理中．关联规则是模式提取的一种有 个生命过程，尤其在细胞发育、增殖、死亡、变异、疾 效的算法，在生物的高通量数据的解释和分析上取 病等基本生理过程中起到重要的作用 ．miRNAs 得了很大的发展 ¨引．关联规则通过支持度 一置信度 发挥作用