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不足 （1）数量有限，而人工培育形态标记材料的周期长； （2）一些形态标记的多态性差，易受环境因素的影响； （3）一些形态标记对植株的表型影响太大，与不良性状连锁 不足 （1）细胞学标记材料的选育需要花费大量的人力和较长的时间； （2）某些物种对染色体数目和结构变异反应敏感或适应变异的能力差而难以获得这类标记； （3）一些不涉及染色体数目、结构变异或带型变异的性状则难以用细胞学方法检测； 显性标记(dominant markers)：指F1的多态性片段与其亲本之一完全相同。如RAPD、AFLP、ISSR等。 共显性标记(co-dominant markers)：指双亲的两个以上分子量不同的多态性片段均在F1中表现。如RFLP、SSR、SCAR等。 一、分子标记的类型和特点 二、分子标记的原理和遗传特性 (一)RFLP（限制性片断长度多态性）标记 1、RFLP标记原理 （1）遍布于整个基因组，数量几乎是无限的； （2）无表型效应，不受发育阶段器官特异性限制； （3）共显性，可区分纯合子和杂合子； （4）结果稳定、可靠； （5）DNA需要量大，检测技术繁杂， 难以用于大规模的育种实践中。 第二类是以聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction，PCR反应）为基础的各种DNA指纹技术。 PCR技术的原理 1.变性：在加热或碱性条件下可使DNA双螺旋的氢键断裂，形成单链DNA，称之为变性。 2.退火：是模板与引物的复性。引物是与模板某区序列互补的一小段DNA片段。 3.延伸：从结合在特定DNA模板上的引物为出发点，将四种脱氧核苷酸以碱基配对形式按5’→3’的方向沿着模板顺序合成新的DNA链。 二、分子标记的原理和遗传特性 (二)RAPD（随机扩增多态性DNA）标记 二、分子标记的原理和遗传特性 (三)AFLP（扩增片断长度多态性）标记 二、分子标记的原理和遗传特性 (四)SSR（简单重复序列）标记 2、SSR标记的特点 （1）数量丰富，广泛分布于整个基因组；数量几乎无限， （2） SSR技术一般检测到的是一个单一的多等位基因位点。 （3）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子； （4）实验重复性好，结果可靠； （5）由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息，因此其开发有一定困难，费用也较高。 　　进行基因定位：基因定位就是寻找与目的的基因紧密连锁的遗传标记并确定其在染色体上的位置，高密度遗传连锁图的建立使目的基因的定位更为方便。 遗传多样性和物种亲缘关系：分子图谱的构建和基因定位更加有利于遗传多样性和物种亲缘关系的研究。植物的遗传多样性是品种遗传改良的基础。 DNA标记可以覆盖整个基因组，能客观、准确地检测物基因组DNA水平的差异。 种质鉴定和遗传背景分析：利用DNA分子标记可以鉴别品种，评估品种纯度，分析农艺性状基因，分离和鉴别遗传材料，确定染色体同源性，对异源染色体和染色体结构畸变的检测。 　　育种中的分子标记辅助选择：长期以来，植物育种都是依植株的表型性状进行选择的。DNA标记的出现使植物育种从表型选择过渡到分子育种的新阶段。 第二节 重要农艺性状基因连锁标记的筛选技术 一、遗传图谱的构建与重要农艺性状基因的标记 2、遗传作图的原理 与经典连锁检测一致，即基于染色体的交换与重组。用重组率来表示基因间的遗传距离。 3、遗传图谱构建的主要环节 （一）质量性状的分子标记 1、NIL（近等基因系）分析法 2、BSA（群体分离）分析法 2、BSA分析法 基本步骤 （二）数量性状的分子标记 （二）数量性状的分子标记 （三）QTL定位的主要方法 第三节 作物MAS育种 （一）回交育种 （二）大范围群体内的单目标基因（SLS-MAS）分析方法 （三）MAS聚合育种 但是，由于导入的新基因表现常被预先存在的基因所掩盖或者许多基因的表型相似难以区分、隐性基因需要测交检测、或接种条件要求很高等，导致许多抗性基因不一定在特定环境下表现出抗性，造成基于表型的抗性选择将无法进行。 MAS可利用分子标记跟踪新的有利基因导入，将超过观测阈值外的有利基因高效地累积起来，为培育含有多抗、优质基因的品种提供了重要的途径。 进行MAS选择的限制因素 作物基因作图速度还相当缓慢，一些重要性状的分子标记与目标性状间的遗传距离仍较大，不符合MAS的要求。 已筛选出的分子标记在不同遗传背景中表现不稳定，甚至同样的目标基因同样的标记在不同群体中其重组率会有差异。特别是呈数量性状遗传的性状的分子标记更易受遗传背景影响。 基于PCR技术的标记数量有限。特别是已筛选到一些与重要农艺性状基因的分子标记大都不是PCR标记，因此不易应用于MAS中。 三、提高分子标记的筛选效率 （一）多重PCR方法 （二