NatureMethods染色质生化研究进入条码测序时代.pptVIP

带“条形码”的半合成核小体搭配大规模平行测序技术能够为我们提供一个全新的技术平台，用来分析染色质相关蛋白质）的组蛋白识别及组蛋白修饰活性。这种高通量芯片筛查技术 在发现PTM识别结构，及PTM靶标结构等方面又取得了不错的成果，发现了许多染色之效应子结构域，比如恶性脑肿瘤结构域、Tudor结构域和植物同源结构域等。带“ 条形码”的半合成核小体（nucleosome）搭配大规模平行测序技术（massivelyparallelsequencing），能够为我们提供一个全新的技术平台 ，用来分析染色质相关蛋白质（chromatin-associatedproteins）的组蛋白识别（histone-recognition）及组蛋白修饰（his tone-modifying）活性。我们过去一直认为组蛋白的功能非常简单，只是在DNA的核内包装过程中起到一个骨架的作用。但是现在我们已经逐渐认识到了组蛋白 ，以及组蛋白的各种翻译后修饰作用（post-translationalmodifications,PTM）在DNA可接近性（DNAaccessibility）， 以及基因组功能方面所具备的重要的动态调控功能。在众多作用机制当中，组蛋白的PTM可以通过招募各种效应蛋白（effectorprotein）来发挥调控作用 ，这些效应蛋白能够解析在染色质上的各种组蛋白PTM状态。经过近20年的科学研究，我们对这些PTM是如何产生、删除，以及如何被解读的机制的认识有了比较大的提升 ，但我们还是不太清楚这些PTM在核小体这种染色质基本结构单元中发挥的生化作用是如何被调控的。不过最近在这方面取得了突破，Nguyen等人将天然化学连接重组核 小体技术（nativechemicalligationcoupledwithrecombinantnucleosometechnology）与高通量测序技术（h igh-throughputsequencing）这两种在染色质生化研究工作中比较成熟的技术结合起来，开发出了一种功能强大，适用范围有非常广的新方法，利用各种打 好条形码的核小体文库，就可以确定这些功能复杂的染色质条款因子了。在发现组蛋白乙酰转移酶（histoneacetyltransferases）和组蛋白去乙酰化 酶（histonedeacetylases）具备转录调控功能之后，科学家们又紧接着利用各种经过修饰的组蛋白多肽（modifiedhistonepeptides） 开展了一系列对今后具有重大影响作用的结构研究和生化研究，发现bromodomain结构域就是一种能够识别乙酰基—赖氨酸（acetyl-lysine）结构的基序， 在这个确凿证据的支持下，从而将组蛋白PTM与基因活性给联系了起来。后来由于利用了固定组蛋白多肽（immobilizedhistonepeptides）或各种 已标记识别结构域（taggedputativereaderdomains）的高通量芯片筛查技术（high-throughput,microarray-based screening）有了进一步的发展，我们在发现PTM识别结构，以及PTM靶标结构等方面又取得了不错的成果，发现了好些染色之效应子结构域，比如恶性脑肿瘤结构域（ malignantbraintumordomain）、Tudor结构域和植物同源结构域（planthomeodomain）等。虽然已经取得了这些不错的成绩， 了解了一些效应蛋白与染色质的相互作用机制，但这主要反映的都是一个结构域与几种修饰后的组蛋白多肽之间的相互作用。可是很多效应蛋白里都含有好几个识别结构域，每一个核 小体也都含有两对核心组蛋白（即H2A、H2B、H3及H4组蛋白），有些核小体里还含有H2A.Z、H2A.X和H3.3等其他组蛋白，这些组蛋白在染色质里都有各自独 特的作用，我们对此还是知之甚少。核小体和效应蛋白的这种组织结构创造出了非常复杂的染色质识别体系。比如，一个含有多个结合结构域的染色质效应蛋白就应该能够特异性 地识别一个组蛋白上的多个不同的PTM，或者位于一个核小体、或者相邻核小体上的多个不同组蛋白上的PTM。实际上，最近开展的一项研究使用半合成核小体也证实了，NUR F染色质重构复合体中的BPTF亚基就能够依靠其自身的bromodomain结构域和植物同源结构域，通过反式相互作用（transinteractions）分别识别 H4K16ac和H3K4me3这两种组蛋白PTM。这种依靠核小体的实验技术也让我们能够在更加符合生理状态的条件下，研究染色质效应蛋白与各种PTM之间的关系，但低 通量是这种方法的缺陷，一次只能研究一个核小体因子。所以严重阻碍了染色质核小体研究工作的进展。图1图1带有各种已修饰组蛋白的DN