中国hiv主要行株核心蛋白（gag）基因变异规律的研究.pdfVIP

中国mV主要流行株核心蛋白(GAG) 基因变异规律的研究 研究生姓名： 关琪 指导教师： 张卓然教授 指导小组： 邵一呜教授 邢辉副研究员 洪坤学副研究员 专业名称： 病原生物学 摘 要 艾滋病病毒(人免疫缺陷病毒，HIV)是逆转录病毒科幔病毒属灵长类慢病毒 亚属中的一类病毒。由于HIV—l的逆转录酶缺乏3’一5’外切酶括性，使得HIV 在复制的过程中不能对错误掺入的单核苷酸加以校正．从而表现出非忠实性复制 的倾向。所以病毒经逆转录后，存在着很多的碱基替换(包括转换和颠换)、插入、 缺失、重复和倒置等遗传物质的变化，而使HIV一1具有高度变异的显著特征。另 外，HIV一1在体内的生存和进化又受到宿主免疫压力的作用，由于这种压力的存在 而使HIv一1呈现出一种连续的、定向的突变趋势以获得快速、特异的突变株，以 适应外界选择压力而存活并繁衍下去。此外，与上述产生基因突变的机制相比， 基因重组则是最快的，可产生最大程度变异的基因变异机制。由于重组后的病毒 基因组中含有大片段的外源性基因，所以可极大的改变重组毒株的遗传特性和生 物学表型，使病毒的进化发生时空上的飞跃，从而大大加快HIV的变异速度。 本研究的主要目的是在第二次全国HIV分子流行病学调查的基础上，从HIV—l 核心蛋白(GAG)区的基因变异、所受选择压力和抗原袁位变化等角度．对我国的 进行分析，以希望所获得的数据能够为针对我国HIV的免疫学研究和疫苗的研制 提供帮助。 经过对全国近千份样本的分析发现，我国的HIVB’亚型占33％；cRF01-AE 盖了中国HlV的主要亚型和主要流行地域，可以较好的代表中国HIV的流行情况。 B亚 通过对中国各主要亚型毒株GAG区的序列分析发现，目前在我国流行的HIV B亚 型毒株与B．TH．92．92TH014标准株在基因距离上最为接近，我国流行的H工V 型毒拣的氨基酸共享序列与B．TH．92．92TH014标准株完全一致。而与1998年在我 RL42存在着四个突变位点(24位 国云南省境内发现的泰国B皿型全长序列B．cM 标准株最为接近，但存在着该标准株77—80位四个氨基酸(QQKT)的缺失，其他 位点皆完全一致，而这种缺失发生于我国所有cRF08-Bc毒株中。我国cRF07一Bc 毒株的共享序列与07一Bc．cN97cN00l标准株完全一致。而我国的流行重组模式 c陋01一AE OlAE．TH90．c醚240： 和 病毒与 Ol』E．JP．93．93JP础i 01一AE．TH．90．cM235—2三个标准株的基因距离均较为接近，而与其中 叭一AE．TH．90．CM240更接近一些。 通过序列保守性分析，发现在P17的尾部与P24交界的部分，经常出现碱基 的缺失、插入、突变、重复和倒置等情况。该区段的变异较大，而这种突变很少 发生移码突变，并不影响下游P24部分的正常翻译，也不会影响P17与P24两片 段之间的酶切位点。造成这种现象的原因是由于该区段不具有重要的生物学功能， 从而容许发生较大程度的变异。 除了cRF08一Bc以外，从所研究的整个区段来看，其余各亚型均受到正向选择 以外，各亚型的P17区段的ks／ka值均小于1，而P24区段的ks／ka值均太于1。 表明这三个亚型毒株的P17区段均受到正向选择压力，而P24区段受到的是负向 选择压力进而呈现出随机进化趋势。 通过抗原表位的分析发现，P24区段抗原表位的保守性明显高于P17区段。并