兰州大尾羊MAPK13基因cDNA克隆及其生物信息学分析.pdfVIP

生物技术通报 ·研究报告· BIOTECHNOLOGY BULLETIN 年第 期 2014 8 兰州大尾羊 MAPK13 基因 cDNA 克隆及 生物信息学分析 1 2 1 1 1 2 2  金方园  徐红伟  达小强  臧荣鑫  柏家林  曹忻  蔡勇    冯玉兰1  杨具田2 （1. 西北民族大学生命科学与工程学院，兰州 730030 ；2. 西北民族大学实验中心，兰州 730030） 摘 要 ： 克隆兰州大尾羊促分裂素原活化蛋白激酶MAPK13 基因，并分析其序列及其编码蛋白的生物学特性，为研究绵 羊MAPK13 基因的功能和生产应用提供参考。根据绵羊MAPK13 基因CDS 序列设计特异引物，利用RACE 和RT-PCR 技术克隆获 得兰州大尾羊MAPK13 基因全长序列，并结合生物信息学方法分析其生物学特性。克隆获得兰州大尾羊MAPK13 基因cDNA 序列 全长1 397 bp，其CDS 区片段长1 102 bp，编码367 个氨基酸。预测兰州大尾羊MAPK13 蛋白分子量为42.29 kD，理论等电点为 8.82，为非跨膜的疏水性蛋白，亚细胞定位主要在细胞质中，无信号肽，不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有19 个磷酸化位点， 3 个糖基化位点，3 个磷酸化功能结构域，4 个其他结构域，1 个LCR 片段，二级结构以α-螺旋为主。同源性分析显示兰州大尾羊 MAPK13 基因序列与已发布的绵羊MAPK13 mRNA 序列 （登录号 ：NM_001139455.1）相比，其第852 位发生碱基转换 （C A），导  致编码蛋白第265 位氨基酸发生碱基转换 （S T）， 同时，第951 位发生碱基转换 （T G），但其所编码氨基酸不变。构建的基因   进化树分析结果显示兰州大尾羊与牛亲缘关系最近。兰州大尾羊与其他物种MAPK13 基因在结构上相似性较高，说明该基因具有 高度的保守性，其序列包含的S_TKc 结构域可将ATP 的γ磷酰基转移到蛋白质丝氨酸/ 苏氨酸残基上，导致一系列肥胖相关基因 的功能失调和表达变化，为进一步研究MAPK13 基因与成脂分化过程的相关性提供了参考。 关键词 ： 兰州大尾羊 MAPK13 基因 cDNA 末端快速扩增 生物信息学 Cloning and Bioinformatics Analysis of MAPK13 Gene in Lanzhou - Fat tailed Sheep 1 2 1 1 1