基于高通量测序的辽东栎转录组学的研究.pdfVIP

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2016-05-13 发布于安徽
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基于高通量测序的辽东栎转录组学的研究.pdf

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生物技术通报 ·研究报告· BIOTECHNOLOGY BULLETIN 年第期 2014 7 基于高通量测序的辽东栎转录组学研究 1 1 2 刘玉林李伟张志翔（1. 北京林业大学生物科学与技术学院，北京 100083 ；2. 北京林业大学自然保护区学院，北京 100083）摘要：应用Illumina Solexa Hiseq 2000 高通量测序技术对辽东栎的芽、花、叶及果实的混合样品进行转录组测序，结果共获得3.8 Gb 的有效数据。应用Trinity 软件对有效序列从头拼接去重复后，共获得95 800 条unigene ，总长度为73.57 Mb ，最大长度、平均长度和N50 分别为11 284 bp 、768 bp 和1 373 bp 。利用Blastx 与公共数据库Nr 和Swiss-Prot 的同源性比较（E 值1 × 10-5 ）发现，38 163 条unigene 未发现与公共数据库中的序列具有同源性。通过KEGG 数据库中参与淀粉合成与代谢的pathway 分析，共发掘出67 条参与淀粉合成的unigene ，编码9 个关键酶。此外，在 13 380 条unigene 中共搜索到15 90 1 个SSR 位点，其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型占所有SSR 位点的98.16%。关键词：辽东栎 Illumina Solexa 转录组淀粉 SSR Transcriptome Analysis for Quercus liaotungensis Koidz. Based on - High throughput Sequencing Technology 1 1 2 Liu Yulin Li Wei Zhang Zhixiang （1. ，， 100083 ；2. ， College of Biological Sciences and Biotechnology Beijing Forestry University Beijing College of Nature Conservation ， 100083 ） Beijing Forestry University Beijing Abstract: In this study, Illumina Solexa Hiseq 2000 high-throughput sequencing technology was used to get the comprehensive transcriptome from mixed samples of buds, flowers, leaves and fruits of Quercus liaotungensis. As a result, 3.8 Gb effective d