S20135415-刘思瑞-SSR抗条绣基因介绍.doc

SSR标记技术在小麦抗锈病基因中的研究应用综述 刘思瑞 作物 摘要：本文阐述了SSR分子标记技术的基本概念，技术路线以及一些基本知识。并且与小麦抗条锈病的研究相结合，展现出SSR标记技术在小麦抗锈病基因中的一些应用。为今后自己的野生二粒小麦抗锈病基因研究做知识储备。 关键词：SSR 小麦 抗锈病基因 野生二粒小麦 SSR markers research application in wheat rust resistance genes were reviewed Liu Si Rui Crops Abstract: This paper expounds the basic concept , technical route and basic knowledgeof SSR marker technology. And combined with the study of wheat resistance to stripe rust, show the SSR markers in wheat rust resistance genes in some applications. For the future own wild emmer rust resistance genes do knowledge reserves. Keywords: SSR Wheat Rust resistance genes Wild emmer 前言 Simple sequence repeat(SSR)即简单重复序列标记技术，该技术利用生物基因组内(CA)n、(AT)n、(GCG)n等重复序列分布均匀且具有高度多态性的特点，作为基因的标记，广泛应用于构建遗传连锁图谱、分子标记辅助育种、系谱分析、研究群体遗传学、目标性状分子标记筛选等领域，获得了很好的成绩。在小麦条锈病的抗性基因研究中，SSR标记技术应用成熟，成功地找出了许多与抗性基因紧密连锁的分子标记，为小麦抗病育种做出了巨大的贡献。 SSR概念和原理 DNA在复制或者修复的过程中发生DNA滑动和错配或有丝分裂、减速分裂期姐妹染色单体不均等交换产生SSR又称为微卫星DNA或短串联重复（STR）。SSR由几个碱基（大多数是1~6个）组成的基序串联重复而成，长度较短，在100bp以内，其重复单元多为两个核苷酸，也有一些重复单元为3，4个核苷酸，少数重复单元的核苷酸更多。SSR标记在基因组中具有高度的多态性，其原因一方面是因为不同遗传材料重复次数的可变性，另一方面是SSR的突变率很高（SSR的突变率在不同物种、在同一物种的不同位点和同一位点的不同等位基因间存在很大差异），从而产生了很多等位基因，导致了SSR的高度多态性。SSR丰富的多态性是其不稳定性的表现。SSR分布于全基因组的不同位置，但是其两端序列多时保守的单拷贝序列，因为可以根据这两端的序列设计一对特异引物，通过PRC技术将其间的核心SSR序列扩增出来，并利用电泳分析就可以直观获得其长度的多态性，这些多态性序列就是SSR标记。由于这些序列内部串联数目的不同，因此产生了SSR标记的高度多态。 SSR技术的特点 SSR标记技术一般检测到的是一个单一的多等位基因位点。 微卫星呈共显性遗传，符合孟德尔遗传规律。因此可用于鉴别杂合子和纯合子。 SSR标记技术所需DNA量少，即使DNA降解，亦能有效的分析鉴定。 SSR标记位点具有专化性。 SSR标记数量丰富。标记覆盖整个基因组，而且分布均匀。 实验的重复性好，结果可靠性高。 SSR序列的两侧顺序常较保守，在同种而不同遗传型间多相同。 多数SSR无功能作用，增加或减少几个重复序列的频率高，因而在品种间具广泛的位点变异，比RFLP及RAPD分子标记具多态性。 SSR技术路线 ↓ ↓ ↓ SSR标记技术使用的DNA质量要求较高，通常采用CTAB法，每次用量50~120ng，所需量少，仅需微量组织即可。 使用SSR标记的前提是已知重复序列两侧的DNA序列和设计引物。因此，引物对于SSR标记技术来说是至关重要，其来源主要有四种：第一，根据相关文献选择已有的引物；第二，选择近缘物种的引物；第三，根据基因组文库从中筛选出SSR位点两翼序列设计的引物，常用的方法有经典法、微卫星富集法和省略库选法。经典法首先制备植物基因组DNA，建立基因组文库，然后利用含有SSR的探针杂交，再筛选阳性克隆测序，最后根据SSR两侧的DNA序列设计相应的引物。经典法又分为两种，分别是构建与筛选大插入片段基因组文库法和构建与筛选小插入片段基因组文库法。前者，缺点是多需要经过多次杂交筛选并且产生的亚克隆测序困难；后者缺点是SSR阳性克隆的得率很低。微卫星富集法是建